Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL9A1P20849 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL9A1P20849 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL9A1P20849 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL9A1P20849 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
COL9A1P20849 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
COL9A1P20849 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL9A1P20849 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL9A1P20849 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL9A1P20849 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL9A1P20849 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL9A1P20849 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL9A1P20849 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
COL9A1P20849 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
COL9A1P20849 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL9A1P20849 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL9A1P20849 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL9A1P20849 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
COL9A1P20849 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL9A1P20849 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL9A1P20849 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
COL9A1P20849 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
COL9A1P20849 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
COL9A1P20849 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
COL9A1P20849 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL9A1P20849 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL9A1P20849 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL9A1P20849 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL9A1P20849 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL9A1P20849 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL9A1P20849 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL9A1P20849 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
COL9A1P20849 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL9A1P20849 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL9A1P20849 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL9A1P20849 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL9A1P20849 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL9A1P20849 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL9A1P20849 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL9A1P20849 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL9A1P20849 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL9A1P20849 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL9A1P20849 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL9A1P20849 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL9A1P20849 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
COL9A1P20849 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL9A1P20849 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL9A1P20849 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
COL9A1P20849 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL9A1P20849 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL9A1P20849 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL9A1P20849 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL9A1P20849 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL9A1P20849 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL9A1P20849 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL9A1P20849 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL9A1P20849 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL9A1P20849 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL9A1P20849 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL9A1P20849 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL9A1P20849 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL9A1P20849 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL9A1P20849 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL9A1P20849 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL9A1P20849 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
COL9A1P20849 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.4 ms