Protein–RNA interactions for Protein: O75940

SMNDC1, Survival of motor neuron-related-splicing factor 30, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 238 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMNDC1O75940 CDK5RAP2-201ENST00000349780 6228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.52□□□□□ -0.44e-11■■■■■ 53.1
SMNDC1O75940 CDK5RAP2-216ENST00000483412 6235 ntTSL 1 (best)9.96□□□□□ -0.814e-11■■■■■ 53.1
SMNDC1O75940 CDK5RAP2-203ENST00000360822 5551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.85□□□□□ -0.834e-11■■■■■ 53.1
SMNDC1O75940 CDK5RAP2-209ENST00000473282 5956 ntTSL 1 (best)8.74□□□□□ -1.014e-11■■■■■ 53.1
SMNDC1O75940 RPL23A-208ENST00000580755 412 ntTSL 214.42□□□□□ -0.11e-40■■■■■ 53
SMNDC1O75940 FP236383.1-201ENST00000623860 2498 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.341e-32■■■■■ 52.2
SMNDC1O75940 RPLP2-202ENST00000524867 598 ntTSL 222.75■■□□□ 1.236e-12■■■■■ 51.5
SMNDC1O75940 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.836e-12■■■■■ 51.5
SMNDC1O75940 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.696e-12■■■■■ 51.5
SMNDC1O75940 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.196e-12■■■■■ 51.5
SMNDC1O75940 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.076e-12■■■■■ 51.5
SMNDC1O75940 RPRD1A-202ENST00000399022 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.036e-12■■■■■ 51.5
SMNDC1O75940 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.026e-12■■■■■ 51.5
SMNDC1O75940 RPLP2-208ENST00000532004 353 ntTSL 313.78□□□□□ -0.26e-12■■■■■ 51.5
SMNDC1O75940 RPRD1A-208ENST00000589050 1022 ntTSL 1 (best)13.73□□□□□ -0.216e-12■■■■■ 51.5
SMNDC1O75940 RPLP2-206ENST00000530398 313 ntTSL 310.42□□□□□ -0.746e-12■■■■■ 51.5
SMNDC1O75940 RPLP2-204ENST00000526222 350 ntTSL 210.05□□□□□ -0.86e-12■■■■■ 51.5
SMNDC1O75940 RPLP2-203ENST00000525722 489 ntTSL 210.05□□□□□ -0.86e-12■■■■■ 51.5
SMNDC1O75940 RPRD1A-210ENST00000591994 2484 ntTSL 24.65□□□□□ -1.666e-12■■■■■ 51.5
SMNDC1O75940 RPRD1A-204ENST00000585953 2357 ntTSL 34.31□□□□□ -1.726e-12■■■■■ 51.5
SMNDC1O75940 RPL7A-208ENST00000492798 374 ntTSL 1 (best)6.73□□□□□ -1.332e-65■■■■■ 50.8
SMNDC1O75940 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.132e-27■■■■■ 50.8
SMNDC1O75940 GMPR-203ENST00000543191 675 ntTSL 29.08□□□□□ -0.962e-27■■■■■ 50.8
SMNDC1O75940 CHTF18-203ENST00000426047 790 ntTSL 314.59□□□□□ -0.072e-15■■■■■ 50.5
SMNDC1O75940 CHTF18-211ENST00000491530 819 ntTSL 513.62□□□□□ -0.232e-15■■■■■ 50.5
SMNDC1O75940 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.261e-14■■■■■ 50
SMNDC1O75940 OSBPL9-201ENST00000361556 2721 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.091e-14■■■■■ 50
SMNDC1O75940 OSBPL9-207ENST00000462759 2755 ntTSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.481e-14■■■■■ 50
SMNDC1O75940 OSBPL9-213ENST00000486942 2529 ntTSL 2 BASIC11.78□□□□□ -0.521e-14■■■■■ 50
SMNDC1O75940 OSBPL9-202ENST00000371714 3352 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC9.12□□□□□ -0.951e-14■■■■■ 50
SMNDC1O75940 OSBPL9-210ENST00000475697 3375 ntTSL 27.74□□□□□ -1.171e-14■■■■■ 50
SMNDC1O75940 OSBPL9-204ENST00000435274 2670 ntTSL 57.08□□□□□ -1.281e-14■■■■■ 50
SMNDC1O75940 OSBPL9-205ENST00000447887 2940 ntTSL 2 BASIC6.94□□□□□ -1.31e-14■■■■■ 50
SMNDC1O75940 OSBPL9-203ENST00000428468 2893 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.79□□□□□ -1.321e-14■■■■■ 50
SMNDC1O75940 OSBPL9-215ENST00000495776 2831 ntTSL 26.64□□□□□ -1.351e-14■■■■■ 50
SMNDC1O75940 OSBPL9-227ENST00000625138 863 ntTSL 56.29□□□□□ -1.41e-14■■■■■ 50
SMNDC1O75940 OSBPL9-206ENST00000453295 2842 ntTSL 1 (best) BASIC6.17□□□□□ -1.421e-14■■■■■ 50
SMNDC1O75940 OSBPL9-221ENST00000531819 4520 ntTSL 24.98□□□□□ -1.611e-14■■■■■ 50
SMNDC1O75940 ATXN2L-218ENST00000565971 3264 ntTSL 1 (best)16.44■□□□□ 0.222e-11■■■■■ 49.6
SMNDC1O75940 ATXN2L-210ENST00000562867 609 ntTSL 216.21■□□□□ 0.192e-11■■■■■ 49.6
SMNDC1O75940 ATXN2L-204ENST00000382686 3739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.072e-11■■■■■ 49.6
SMNDC1O75940 ATXN2L-223ENST00000568266 1294 ntTSL 515.44■□□□□ 0.062e-11■■■■■ 49.6
SMNDC1O75940 ATXN2L-202ENST00000336783 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.022e-11■■■■■ 49.6
SMNDC1O75940 ATXN2L-211ENST00000563314 4574 ntTSL 515.11■□□□□ 0.012e-11■■■■■ 49.6
SMNDC1O75940 ATXN2L-215ENST00000564304 3514 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.052e-11■■■■■ 49.6
SMNDC1O75940 ATXN2L-225ENST00000570200 3635 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.182e-11■■■■■ 49.6
SMNDC1O75940 ATXN2L-205ENST00000395547 3981 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.212e-11■■■■■ 49.6
SMNDC1O75940 ATXN2L-201ENST00000325215 3788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.242e-11■■■■■ 49.6
SMNDC1O75940 ATXN2L-203ENST00000340394 3807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.262e-11■■■■■ 49.6
SMNDC1O75940 ATXN2L-216ENST00000564656 552 ntTSL 413.38□□□□□ -0.272e-11■■■■■ 49.6
SMNDC1O75940 MTRNR2L11-201ENST00000604646 1552 ntAPPRIS P1 BASIC5.98□□□□□ -1.452e-11■■■■■ 49.6
SMNDC1O75940 LINC00838-201ENST00000562956 2936 ntTSL 1 (best) BASIC9.34□□□□□ -0.912e-13■■■■■ 48.8
SMNDC1O75940 CALCOCO2-209ENST00000507076 767 ntTSL 320.87■□□□□ 0.935e-14■■■■■ 48.1
SMNDC1O75940 CALCOCO2-211ENST00000508679 1396 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.35e-14■■■■■ 48.1
SMNDC1O75940 CALCOCO2-228ENST00000576582 575 ntTSL 510.39□□□□□ -0.755e-14■■■■■ 48.1
SMNDC1O75940 CALCOCO2-214ENST00000509415 558 ntTSL 410.39□□□□□ -0.755e-14■■■■■ 48.1
SMNDC1O75940 CALCOCO2-205ENST00000502761 724 ntTSL 210.39□□□□□ -0.755e-14■■■■■ 48.1
SMNDC1O75940 CALCOCO2-225ENST00000570513 553 ntTSL 410.23□□□□□ -0.775e-14■■■■■ 48.1
SMNDC1O75940 CALCOCO2-215ENST00000509507 1512 ntTSL 2 BASIC9.89□□□□□ -0.835e-14■■■■■ 48.1
SMNDC1O75940 CALCOCO2-206ENST00000503463 750 ntTSL 29.58□□□□□ -0.885e-14■■■■■ 48.1
SMNDC1O75940 CALCOCO2-227ENST00000575560 540 ntTSL 59.02□□□□□ -0.975e-14■■■■■ 48.1
SMNDC1O75940 CALCOCO2-203ENST00000416445 1438 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC8.63□□□□□ -1.035e-14■■■■■ 48.1
SMNDC1O75940 CALCOCO2-201ENST00000258947 3682 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.33□□□□□ -1.085e-14■■■■■ 48.1
SMNDC1O75940 CALCOCO2-212ENST00000509014 577 ntTSL 28.12□□□□□ -1.115e-14■■■■■ 48.1
SMNDC1O75940 CALCOCO2-207ENST00000505071 495 ntTSL 57.38□□□□□ -1.235e-14■■■■■ 48.1
SMNDC1O75940 CALCOCO2-221ENST00000513119 973 ntTSL 56.69□□□□□ -1.345e-14■■■■■ 48.1
SMNDC1O75940 CALCOCO2-204ENST00000448105 1916 ntTSL 2 BASIC5.25□□□□□ -1.575e-14■■■■■ 48.1
SMNDC1O75940 RNU6-1067P-201ENST00000384752 107 ntBASIC2.5□□□□□ -2.011e-10■■■■■ 48
SMNDC1O75940 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.822e-11■■■■■ 47.7
SMNDC1O75940 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.822e-11■■■■■ 47.7
SMNDC1O75940 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.645e-11■■■■■ 47.7
SMNDC1O75940 EIPR1-212ENST00000478754 2932 ntTSL 517.55■□□□□ 0.45e-11■■■■■ 47.7
SMNDC1O75940 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.355e-11■■■■■ 47.7
SMNDC1O75940 EIPR1-204ENST00000435721 672 ntTSL 316.99■□□□□ 0.315e-11■■■■■ 47.7
SMNDC1O75940 EIPR1-203ENST00000406835 738 ntTSL 516.99■□□□□ 0.315e-11■■■■■ 47.7
SMNDC1O75940 EIPR1-207ENST00000444776 594 ntTSL 415.62■□□□□ 0.095e-11■■■■■ 47.7
SMNDC1O75940 EIPR1-205ENST00000441271 647 ntTSL 515.38■□□□□ 0.055e-11■■■■■ 47.7
SMNDC1O75940 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -05e-11■■■■■ 47.7
SMNDC1O75940 EIPR1-210ENST00000463662 757 ntTSL 310.3□□□□□ -0.765e-11■■■■■ 47.7
SMNDC1O75940 EIPR1-208ENST00000455162 847 ntTSL 59.38□□□□□ -0.915e-11■■■■■ 47.7
SMNDC1O75940 EIF4A2-201ENST00000323963 1919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.5□□□□□ -0.894e-34■■■■■ 47.4
SMNDC1O75940 EIF4A2-203ENST00000426808 1751 ntTSL 1 (best)7.57□□□□□ -1.24e-34■■■■■ 47.4
SMNDC1O75940 EIF4A2-207ENST00000443963 1729 ntTSL 1 (best)7.55□□□□□ -1.24e-34■■■■■ 47.4
SMNDC1O75940 EIF4A2-205ENST00000440191 1889 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC6.96□□□□□ -1.294e-34■■■■■ 47.4
SMNDC1O75940 EIF4A2-202ENST00000425053 1977 ntTSL 56.57□□□□□ -1.364e-34■■■■■ 47.4
SMNDC1O75940 EIF4A2-204ENST00000429589 1005 ntTSL 56.5□□□□□ -1.374e-34■■■■■ 47.4
SMNDC1O75940 EIF4A2-219ENST00000485101 5327 ntTSL 54.58□□□□□ -1.684e-34■■■■■ 47.4
SMNDC1O75940 SRSF1-207ENST00000584668 758 ntTSL 37.72□□□□□ -1.171e-13■■■■■ 47.1
SMNDC1O75940 SNHG26-203ENST00000432668 574 ntTSL 310.57□□□□□ -0.726e-17■■■■■ 47.1
SMNDC1O75940 SNHG26-201ENST00000415611 1099 ntTSL 5 BASIC9□□□□□ -0.976e-17■■■■■ 47.1
SMNDC1O75940 SNHG26-202ENST00000422542 1106 ntTSL 3 BASIC8.48□□□□□ -1.056e-17■■■■■ 47.1
SMNDC1O75940 SNORD93-201ENST00000408813 74 ntBASIC2.03□□□□□ -2.086e-17■■■■■ 47.1
SMNDC1O75940 KIF2C-202ENST00000372224 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.42□□□□□ -0.588e-8■■■■■ 47
SMNDC1O75940 KIF2C-201ENST00000372217 2955 ntTSL 1 (best) BASIC10.59□□□□□ -0.718e-8■■■■■ 47
SMNDC1O75940 RNU6-34P-201ENST00000364874 107 ntBASIC0.84□□□□□ -2.273e-19■■■■■ 46.9
SMNDC1O75940 TRRAP-203ENST00000417523 550 ntTSL 414.92□□□□□ -0.024e-88■■■■■ 46.9
SMNDC1O75940 TRRAP-201ENST00000355540 12590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.68□□□□□ -1.184e-88■■■■■ 46.9
SMNDC1O75940 TRRAP-202ENST00000359863 12677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.57□□□□□ -1.24e-88■■■■■ 46.9
SMNDC1O75940 TRRAP-207ENST00000628380 12644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.43□□□□□ -1.224e-88■■■■■ 46.9
SMNDC1O75940 TRRAP-204ENST00000446306 12492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.13□□□□□ -1.434e-88■■■■■ 46.9
Retrieved 100 of 11,362 protein–RNA pairs in 109.2 ms