Protein–RNA interactions for Protein: O75940

SMNDC1, Survival of motor neuron-related-splicing factor 30, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 238 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMNDC1O75940 RNU6-9-201ENST00000384776 107 ntBASIC4.85□□□□□ -1.631e-323■■■■■ 3784.5
SMNDC1O75940 RNU6-25P-201ENST00000383873 107 ntBASIC4.85□□□□□ -1.632e-106■■■■■ 567.8
SMNDC1O75940 RNU6-45P-201ENST00000384471 107 ntBASIC5.17□□□□□ -1.582e-31■■■■■ 420.4
SMNDC1O75940 SCARNA17-201ENST00000516183 144 ntBASIC-1.07□□□□□ -2.583e-66■■■■■ 244.9
SMNDC1O75940 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.737e-20■■■■■ 240.5
SMNDC1O75940 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.627e-20■■■■■ 240.5
SMNDC1O75940 GRM5-205ENST00000455756 7927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.057e-20■■■■■ 240.5
SMNDC1O75940 RNU6-16P-201ENST00000384385 107 ntBASIC4.85□□□□□ -1.637e-20■■■■■ 240.5
SMNDC1O75940 AP003716.1-203ENST00000533670 613 ntTSL 3 BASIC10.58□□□□□ -0.722e-46■■■■■ 210.4
SMNDC1O75940 RNU6-46P-201ENST00000383860 107 ntBASIC0.13□□□□□ -2.392e-46■■■■■ 210.4
SMNDC1O75940 RNU2-59P-201ENST00000410482 191 ntBASIC1.56□□□□□ -2.163e-14■■■■■ 206.7
SMNDC1O75940 RFC1-201ENST00000349703 4859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.75□□□□□ -1.331e-46■■■■■ 202.3
SMNDC1O75940 RFC1-202ENST00000381897 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.04□□□□□ -1.441e-46■■■■■ 202.3
SMNDC1O75940 RNU6-32P-201ENST00000383948 107 ntBASIC3.25□□□□□ -1.891e-46■■■■■ 202.3
SMNDC1O75940 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.868e-50■■■■■ 194.4
SMNDC1O75940 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.58e-50■■■■■ 194.4
SMNDC1O75940 METTL9-207ENST00000567404 763 ntTSL 38.58□□□□□ -1.048e-50■■■■■ 194.4
SMNDC1O75940 RNU6-1005P-201ENST00000384519 107 ntBASIC7.82□□□□□ -1.162e-50■■■■■ 194.4
SMNDC1O75940 METTL9-211ENST00000615720 2890 ntTSL 2 BASIC5.8□□□□□ -1.488e-50■■■■■ 194.4
SMNDC1O75940 METTL9-208ENST00000568826 376 ntTSL 35.23□□□□□ -1.578e-50■■■■■ 194.4
SMNDC1O75940 LINC00854-214ENST00000615433 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 58.32□□□□□ -1.083e-51■■■■■ 186.3
SMNDC1O75940 LINC00854-204ENST00000594691 649 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC7.76□□□□□ -1.173e-51■■■■■ 186.3
SMNDC1O75940 U2.6-201ENST00000619225 191 ntBASIC4.17□□□□□ -1.743e-51■■■■■ 186.3
SMNDC1O75940 CCDC102B-211ENST00000584775 1179 ntTSL 1 (best)10.16□□□□□ -0.785e-39■■■■■ 182.1
SMNDC1O75940 CCDC102B-202ENST00000577772 1537 ntTSL 26.66□□□□□ -1.345e-39■■■■■ 182.1
SMNDC1O75940 CCDC102B-203ENST00000577800 589 ntTSL 36.14□□□□□ -1.435e-39■■■■■ 182.1
SMNDC1O75940 CCDC102B-210ENST00000584156 1554 ntTSL 1 (best) BASIC6.01□□□□□ -1.455e-39■■■■■ 182.1
SMNDC1O75940 RNU6-39P-201ENST00000384344 107 ntBASIC5.85□□□□□ -1.475e-39■■■■■ 182.1
SMNDC1O75940 CCDC102B-206ENST00000581103 324 ntTSL 54.03□□□□□ -1.765e-39■■■■■ 182.1
SMNDC1O75940 CCDC102B-201ENST00000360242 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.68□□□□□ -1.825e-39■■■■■ 182.1
SMNDC1O75940 RNU6-12P-201ENST00000384604 107 ntBASIC3.25□□□□□ -1.892e-51■■■■■ 180.7
SMNDC1O75940 RNU2-36P-201ENST00000410361 191 ntBASIC5.59□□□□□ -1.512e-38■■■■■ 166.4
SMNDC1O75940 RNU6-6P-201ENST00000606623 107 ntBASIC4.85□□□□□ -1.637e-49■■■■■ 164.1
SMNDC1O75940 PUM1-220ENST00000529846 683 ntTSL 34.78□□□□□ -1.642e-41■■■■■ 149.2
SMNDC1O75940 PUM1-219ENST00000527498 652 ntTSL 34.7□□□□□ -1.662e-41■■■■■ 149.2
SMNDC1O75940 PUM1-216ENST00000525997 650 ntTSL 34.65□□□□□ -1.672e-41■■■■■ 149.2
SMNDC1O75940 EGF-207ENST00000509996 1464 ntTSL 1 (best)13.84□□□□□ -0.195e-35■■■■■ 139.8
SMNDC1O75940 EGF-201ENST00000265171 4880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.21□□□□□ -0.785e-35■■■■■ 139.8
SMNDC1O75940 EGF-206ENST00000509793 4489 ntTSL 2 BASIC9.63□□□□□ -0.875e-35■■■■■ 139.8
SMNDC1O75940 EGF-204ENST00000503392 3642 ntTSL 1 (best) BASIC9.02□□□□□ -0.975e-35■■■■■ 139.8
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SMNDC1O75940 LINC00910-206ENST00000592135 2438 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.171e-23■■■■■ 139
SMNDC1O75940 LINC00910-205ENST00000592094 1042 ntTSL 1 (best)15.86■□□□□ 0.131e-23■■■■■ 139
SMNDC1O75940 LINC00910-201ENST00000341011 2303 ntTSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.551e-23■■■■■ 139
SMNDC1O75940 LINC00910-202ENST00000586231 2890 ntTSL 2 BASIC11.52□□□□□ -0.571e-23■■■■■ 139
SMNDC1O75940 LINC00910-204ENST00000588654 541 ntTSL 410.75□□□□□ -0.691e-23■■■■■ 139
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SMNDC1O75940 SOX2-OT-201ENST00000460739 609 ntTSL 4 BASIC10.62□□□□□ -0.713e-59■■■■■ 137.2
SMNDC1O75940 SOX2-OT-215ENST00000493521 1239 ntTSL 3 BASIC9.13□□□□□ -0.953e-59■■■■■ 137.2
SMNDC1O75940 SOX2-OT-226ENST00000597347 1342 ntTSL 58.66□□□□□ -1.023e-59■■■■■ 137.2
SMNDC1O75940 SOX2-OT-204ENST00000469278 561 ntTSL 47.48□□□□□ -1.213e-59■■■■■ 137.2
SMNDC1O75940 SOX2-OT-214ENST00000493116 560 ntTSL 47.29□□□□□ -1.243e-59■■■■■ 137.2
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SMNDC1O75940 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.691e-33■■■■■ 119.7
SMNDC1O75940 SH3BP1-206ENST00000469947 2612 ntTSL 214.61□□□□□ -0.071e-33■■■■■ 119.7
SMNDC1O75940 SH3BP1-203ENST00000451997 3123 ntTSL 213.56□□□□□ -0.241e-33■■■■■ 119.7
SMNDC1O75940 RNU6-36P-201ENST00000384172 107 ntBASIC4.85□□□□□ -1.634e-53■■■■■ 117.3
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SMNDC1O75940 RNU6-463P-201ENST00000384340 107 ntBASIC6.07□□□□□ -1.442e-43■■■■■ 112.3
SMNDC1O75940 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.98■■□□□ 1.272e-31■■■■■ 107.7
SMNDC1O75940 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.192e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 TMEM222-202ENST00000464720 1665 ntTSL 1 (best)16.23■□□□□ 0.192e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.122e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 TMEM222-208ENST00000486082 994 ntTSL 315.29■□□□□ 0.042e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.032e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 TMEM222-207ENST00000478104 986 ntTSL 313.22□□□□□ -0.292e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 TMEM222-203ENST00000464813 1071 ntTSL 2 BASIC11.83□□□□□ -0.522e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 TMEM222-204ENST00000466759 368 ntTSL 3 BASIC11.76□□□□□ -0.532e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 TMEM222-209ENST00000498220 679 ntTSL 37.97□□□□□ -1.132e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 ACTG1P20-201ENST00000486001 468 ntBASIC7.95□□□□□ -1.142e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 RNU6-48P-201ENST00000384161 107 ntBASIC4.85□□□□□ -1.632e-23■■■■■ 107.5
SMNDC1O75940 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.26e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-202ENST00000366522 6167 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.036e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-201ENST00000366521 860 ntTSL 210.93□□□□□ -0.666e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-213ENST00000497591 1201 ntTSL 510.7□□□□□ -0.76e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-208ENST00000473686 906 ntTSL 59.58□□□□□ -0.886e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-212ENST00000495271 744 ntTSL 59.28□□□□□ -0.926e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-211ENST00000487845 1389 ntTSL 28.3□□□□□ -1.086e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-204ENST00000391837 738 ntTSL 57.96□□□□□ -1.146e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-207ENST00000447569 527 ntTSL 2 BASIC7.9□□□□□ -1.146e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-215ENST00000549220 557 ntTSL 47.26□□□□□ -1.256e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-216ENST00000551317 520 ntTSL 36.95□□□□□ -1.36e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 EFCAB2-205ENST00000425550 550 ntTSL 36.32□□□□□ -1.46e-23■■■■■ 105.2
SMNDC1O75940 RNU2-64P-201ENST00000411315 191 ntBASIC5.27□□□□□ -1.571e-17■■■■■ 96.6
SMNDC1O75940 CDK5RAP2-211ENST00000479584 611 ntTSL 311.12□□□□□ -0.632e-22■■■■■ 95.4
SMNDC1O75940 CDK5RAP2-205ENST00000425647 2747 ntTSL 210.56□□□□□ -0.722e-22■■■■■ 95.4
SMNDC1O75940 CDK5RAP2-204ENST00000416449 3902 ntTSL 58.53□□□□□ -1.042e-22■■■■■ 95.4
SMNDC1O75940 CDK5RAP2-207ENST00000468989 577 ntTSL 46.82□□□□□ -1.322e-22■■■■■ 95.4
SMNDC1O75940 snoU2-30.1-201ENST00000365012 70 ntBASIC3.02□□□□□ -1.936e-49■■■■■ 94.5
SMNDC1O75940 RNU6-637P-201ENST00000384050 107 ntBASIC5.33□□□□□ -1.562e-21■■■■■ 93.4
SMNDC1O75940 SYCP2L-201ENST00000283141 3130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.061e-68■■■■■ 93.1
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