Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
SDC3O75056 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SDC3O75056 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
SDC3O75056 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SDC3O75056 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SDC3O75056 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SDC3O75056 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SDC3O75056 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SDC3O75056 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SDC3O75056 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SDC3O75056 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SDC3O75056 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SDC3O75056 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SDC3O75056 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SDC3O75056 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SDC3O75056 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SDC3O75056 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SDC3O75056 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SDC3O75056 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SDC3O75056 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SDC3O75056 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SDC3O75056 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
SDC3O75056 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SDC3O75056 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SDC3O75056 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SDC3O75056 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SDC3O75056 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SDC3O75056 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SDC3O75056 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SDC3O75056 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SDC3O75056 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SDC3O75056 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SDC3O75056 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SDC3O75056 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SDC3O75056 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SDC3O75056 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SDC3O75056 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SDC3O75056 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SDC3O75056 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
SDC3O75056 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
SDC3O75056 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
SDC3O75056 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SDC3O75056 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SDC3O75056 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SDC3O75056 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SDC3O75056 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SDC3O75056 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SDC3O75056 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SDC3O75056 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SDC3O75056 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SDC3O75056 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SDC3O75056 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SDC3O75056 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
SDC3O75056 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SDC3O75056 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SDC3O75056 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SDC3O75056 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SDC3O75056 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SDC3O75056 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
SDC3O75056 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SDC3O75056 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SDC3O75056 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SDC3O75056 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SDC3O75056 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SDC3O75056 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SDC3O75056 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SDC3O75056 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SDC3O75056 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SDC3O75056 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SDC3O75056 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SDC3O75056 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SDC3O75056 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SDC3O75056 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SDC3O75056 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SDC3O75056 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SDC3O75056 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
SDC3O75056 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
SDC3O75056 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
SDC3O75056 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SDC3O75056 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
SDC3O75056 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SDC3O75056 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
SDC3O75056 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
SDC3O75056 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.83
SDC3O75056 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
SDC3O75056 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SDC3O75056 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SDC3O75056 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SDC3O75056 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SDC3O75056 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SDC3O75056 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SDC3O75056 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SDC3O75056 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SDC3O75056 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SDC3O75056 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SDC3O75056 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SDC3O75056 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SDC3O75056 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SDC3O75056 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SDC3O75056 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.8 ms