Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.574e-7■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.524e-7■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.14e-7■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 FAU-203ENST00000525297 355 ntTSL 5 BASIC5.66□□□□□ -1.56e-11■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.027e-8■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 CIRBP-203ENST00000444172 584 ntTSL 316.12■□□□□ 0.178e-12■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 ADGRV1-217ENST00000639431 611 ntTSL 55.21□□□□□ -1.582e-6■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 HNRNPH1-201ENST00000329433 2114 ntTSL 2 BASIC14.79□□□□□ -0.041e-11■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 HNRNPH1-216ENST00000510411 2105 ntTSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.371e-11■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 HNRNPH1-218ENST00000510678 1996 ntTSL 512.32□□□□□ -0.441e-11■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 PPP4R1-211ENST00000578875 580 ntTSL 47.19□□□□□ -1.261e-6■■■■■ 43
SF3B4Q15427 FLII-214ENST00000496727 792 ntTSL 515.49■□□□□ 0.071e-12■■■■■ 43
SF3B4Q15427 ATG16L2-218ENST00000542481 571 ntTSL 512.62□□□□□ -0.391e-12■■■■■ 43
SF3B4Q15427 FLII-218ENST00000577485 555 ntTSL 511.27□□□□□ -0.611e-12■■■■■ 43
SF3B4Q15427 EP400NL-203ENST00000392352 2172 ntTSL 222.63■■□□□ 1.213e-11■■■■■ 43
SF3B4Q15427 EP400NL-205ENST00000443539 1756 ntTSL 219.98■□□□□ 0.793e-11■■■■■ 43
SF3B4Q15427 EP400NL-202ENST00000389560 1726 ntTSL 1 (best)19.36■□□□□ 0.693e-11■■■■■ 43
SF3B4Q15427 EP400NL-207ENST00000454179 781 ntTSL 217.5■□□□□ 0.393e-11■■■■■ 43
SF3B4Q15427 SSBP4-203ENST00000593641 900 ntTSL 520.78■□□□□ 0.923e-9■■■■■ 43
SF3B4Q15427 SSBP4-210ENST00000601444 427 ntTSL 518.06■□□□□ 0.484e-9■■■■■ 43
SF3B4Q15427 SSBP4-212ENST00000601919 492 ntTSL 516.63■□□□□ 0.254e-9■■■■■ 43
SF3B4Q15427 PIGG-207ENST00000504187 1784 ntTSL 214.75□□□□□ -0.054e-9■■■■■ 43
SF3B4Q15427 PIGG-211ENST00000506402 2387 ntTSL 1 (best)13.75□□□□□ -0.214e-9■■■■■ 43
SF3B4Q15427 PIGG-205ENST00000503111 2629 ntTSL 2 BASIC12.64□□□□□ -0.394e-9■■■■■ 43
SF3B4Q15427 PIGG-217ENST00000509768 3121 ntTSL 1 (best) BASIC11.99□□□□□ -0.494e-9■■■■■ 43
SF3B4Q15427 PIGG-220ENST00000511448 903 ntTSL 510.73□□□□□ -0.694e-9■■■■■ 43
SF3B4Q15427 SFMBT2-204ENST00000397167 8024 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.51e-6■■■■■ 43
SF3B4Q15427 SFMBT2-201ENST00000361972 7922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.37□□□□□ -0.591e-6■■■■■ 43
SF3B4Q15427 NARS-201ENST00000256854 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.581e-6■■■■■ 42.9
SF3B4Q15427 NARS-204ENST00000586807 1608 ntTSL 210.6□□□□□ -0.711e-6■■■■■ 42.9
SF3B4Q15427 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC16.82■□□□□ 0.285e-8■■■■■ 42.9
SF3B4Q15427 ABCD4-226ENST00000556971 637 ntTSL 311.04□□□□□ -0.645e-8■■■■■ 42.9
SF3B4Q15427 ABCD4-222ENST00000555617 542 ntTSL 410.51□□□□□ -0.735e-8■■■■■ 42.9
SF3B4Q15427 ABCD4-221ENST00000554453 736 ntTSL 510.17□□□□□ -0.785e-8■■■■■ 42.9
SF3B4Q15427 SLC7A6-207ENST00000563208 572 ntTSL 59.17□□□□□ -0.941e-9■■■■■ 42.9
SF3B4Q15427 SLC7A6-213ENST00000567346 543 ntTSL 26.17□□□□□ -1.421e-9■■■■■ 42.9
SF3B4Q15427 ZCCHC14-202ENST00000561928 2548 ntTSL 515.61■□□□□ 0.091e-7■■■■■ 42.9
SF3B4Q15427 ZCCHC14-203ENST00000565193 523 ntTSL 214.06□□□□□ -0.161e-12■■■■■ 42.9
SF3B4Q15427 ZCCHC14-204ENST00000568020 6242 ntTSL 1 (best)11.87□□□□□ -0.511e-7■■■■■ 42.9
SF3B4Q15427 ZCCHC14-201ENST00000268616 7102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.521e-7■■■■■ 42.9
SF3B4Q15427 FOXP4-206ENST00000451305 367 ntTSL 1 (best)15.59■□□□□ 0.095e-10■■■■■ 42.9
SF3B4Q15427 LMO2-206ENST00000493667 390 ntTSL 317.2■□□□□ 0.342e-6■■■■■ 42.9
SF3B4Q15427 TFRC-209ENST00000464368 569 ntTSL 48.95□□□□□ -0.982e-18■■■■■ 42.9
SF3B4Q15427 GGA2-209ENST00000567201 576 ntTSL 45.66□□□□□ -1.54e-7■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 D2HGDH-215ENST00000486953 2232 ntTSL 1 (best)22.49■■□□□ 1.191e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 D2HGDH-214ENST00000473126 1612 ntTSL 1 (best)21.83■■□□□ 1.081e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 TRMT2A-209ENST00000463710 757 ntTSL 315.74■□□□□ 0.115e-10■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 HDAC1-208ENST00000482310 779 ntTSL 511.82□□□□□ -0.525e-7■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 ASL-210ENST00000496336 996 ntTSL 1 (best)19.87■□□□□ 0.777e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.637e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.637e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.547e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.477e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 ASL-207ENST00000487982 1007 ntTSL 217.91■□□□□ 0.467e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.427e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 NDUFAF3-205ENST00000480392 769 ntTSL 217.5■□□□□ 0.397e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 LRSAM1-207ENST00000485704 413 ntTSL 516.07■□□□□ 0.167e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.087e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 SCYL1-204ENST00000524897 820 ntTSL 215.3■□□□□ 0.047e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.027e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 DLGAP4-208ENST00000478910 2674 ntTSL 214.41□□□□□ -0.17e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 SEMA4B-213ENST00000559983 758 ntTSL 312.93□□□□□ -0.347e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 SCYL1-211ENST00000529981 497 ntTSL 312.8□□□□□ -0.367e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 DLGAP4-202ENST00000340491 2392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.367e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 SMARCD2-211ENST00000584483 821 ntTSL 212.59□□□□□ -0.397e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 SEMA4B-209ENST00000559247 850 ntTSL 212.52□□□□□ -0.417e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 PTK2B-207ENST00000482543 499 ntTSL 512.36□□□□□ -0.437e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 DLGAP4-211ENST00000482037 603 ntTSL 512.01□□□□□ -0.497e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 DLGAP4-210ENST00000479951 631 ntTSL 311.98□□□□□ -0.497e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 DLGAP4-203ENST00000373907 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.547e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 DLGAP4-212ENST00000482872 839 ntTSL 511.66□□□□□ -0.547e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 SMARCD2-207ENST00000578234 595 ntTSL 211.51□□□□□ -0.577e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 HRAS-209ENST00000479482 485 ntTSL 211.41□□□□□ -0.587e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 DLGAP4-209ENST00000479220 577 ntTSL 311.37□□□□□ -0.597e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 DLGAP4-213ENST00000489701 2396 ntTSL 2 BASIC11.33□□□□□ -0.67e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 SEMA4B-220ENST00000561321 563 ntTSL 211.2□□□□□ -0.627e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 SMARCD2-209ENST00000581832 562 ntTSL 311.19□□□□□ -0.627e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 NDUFAF3-201ENST00000326912 705 ntTSL 2 BASIC11.04□□□□□ -0.647e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 NDUFAF3-206ENST00000496152 826 ntTSL 210.93□□□□□ -0.667e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 DLGAP4-215ENST00000495241 794 ntTSL 210.06□□□□□ -0.87e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 PACSIN2-211ENST00000507586 362 ntTSL 35.74□□□□□ -1.497e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 MIR6840-201ENST00000611937 71 ntBASIC2.35□□□□□ -2.037e-9■■■■■ 42.8
SF3B4Q15427 LGALS8-226ENST00000529796 556 ntTSL 410.13□□□□□ -0.796e-21■■■■■ 42.7
SF3B4Q15427 LGALS8-207ENST00000406509 1035 ntTSL 59.61□□□□□ -0.876e-21■■■■■ 42.7
SF3B4Q15427 LGALS8-211ENST00000442397 564 ntTSL 47.53□□□□□ -1.26e-21■■■■■ 42.7
SF3B4Q15427 LGALS8-221ENST00000526652 534 ntTSL 44.34□□□□□ -1.716e-21■■■■■ 42.7
SF3B4Q15427 LGALS8-224ENST00000528782 572 ntTSL 43.3□□□□□ -1.886e-21■■■■■ 42.7
SF3B4Q15427 ATP1A1-204ENST00000418797 654 ntTSL 318.12■□□□□ 0.493e-23■■■■■ 42.7
SF3B4Q15427 ATP1A1-206ENST00000463382 584 ntTSL 26.22□□□□□ -1.413e-23■■■■■ 42.7
SF3B4Q15427 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.554e-8■■■■■ 42.7
SF3B4Q15427 IRF3-211ENST00000596644 550 ntTSL 213.59□□□□□ -0.232e-15■■■■■ 42.7
SF3B4Q15427 IRF3-224ENST00000599680 472 ntTSL 313.1□□□□□ -0.312e-15■■■■■ 42.7
SF3B4Q15427 FAM13A-221ENST00000515155 576 ntTSL 48.34□□□□□ -1.073e-13■■■■■ 42.6
SF3B4Q15427 ENOSF1-220ENST00000584706 616 ntTSL 39.1□□□□□ -0.957e-21■■■■■ 42.6
SF3B4Q15427 ENOSF1-205ENST00000578647 706 ntTSL 37.68□□□□□ -1.187e-21■■■■■ 42.6
SF3B4Q15427 AUP1-205ENST00000464887 845 ntTSL 212.69□□□□□ -0.381e-12■■■■■ 42.6
SF3B4Q15427 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.176e-13■■■■■ 42.6
SF3B4Q15427 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.116e-13■■■■■ 42.6
SF3B4Q15427 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.126e-13■■■■■ 42.6
SF3B4Q15427 GSKIP-203ENST00000554182 760 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.33□□□□□ -0.66e-13■■■■■ 42.6
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 3725 ms