Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
USP3Q9Y6I4 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
USP3Q9Y6I4 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC29.33■■■□□ 2.29
USP3Q9Y6I4 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
USP3Q9Y6I4 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
USP3Q9Y6I4 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
USP3Q9Y6I4 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP3Q9Y6I4 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP3Q9Y6I4 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP3Q9Y6I4 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP3Q9Y6I4 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
USP3Q9Y6I4 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP3Q9Y6I4 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP3Q9Y6I4 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
USP3Q9Y6I4 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP3Q9Y6I4 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP3Q9Y6I4 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP3Q9Y6I4 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP3Q9Y6I4 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC29.14■■■□□ 2.26
USP3Q9Y6I4 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
USP3Q9Y6I4 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP3Q9Y6I4 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP3Q9Y6I4 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP3Q9Y6I4 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP3Q9Y6I4 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP3Q9Y6I4 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP3Q9Y6I4 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP3Q9Y6I4 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP3Q9Y6I4 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
USP3Q9Y6I4 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP3Q9Y6I4 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP3Q9Y6I4 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
USP3Q9Y6I4 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP3Q9Y6I4 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP3Q9Y6I4 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
USP3Q9Y6I4 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP3Q9Y6I4 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP3Q9Y6I4 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP3Q9Y6I4 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP3Q9Y6I4 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP3Q9Y6I4 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
USP3Q9Y6I4 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
USP3Q9Y6I4 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP3Q9Y6I4 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP3Q9Y6I4 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP3Q9Y6I4 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP3Q9Y6I4 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP3Q9Y6I4 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP3Q9Y6I4 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP3Q9Y6I4 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP3Q9Y6I4 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP3Q9Y6I4 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP3Q9Y6I4 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
USP3Q9Y6I4 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP3Q9Y6I4 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP3Q9Y6I4 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP3Q9Y6I4 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP3Q9Y6I4 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP3Q9Y6I4 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP3Q9Y6I4 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP3Q9Y6I4 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
USP3Q9Y6I4 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
USP3Q9Y6I4 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
USP3Q9Y6I4 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP3Q9Y6I4 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP3Q9Y6I4 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP3Q9Y6I4 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP3Q9Y6I4 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP3Q9Y6I4 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP3Q9Y6I4 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
USP3Q9Y6I4 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP3Q9Y6I4 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP3Q9Y6I4 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.2
USP3Q9Y6I4 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP3Q9Y6I4 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
USP3Q9Y6I4 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP3Q9Y6I4 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP3Q9Y6I4 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
USP3Q9Y6I4 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP3Q9Y6I4 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP3Q9Y6I4 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP3Q9Y6I4 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP3Q9Y6I4 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP3Q9Y6I4 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP3Q9Y6I4 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP3Q9Y6I4 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP3Q9Y6I4 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP3Q9Y6I4 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP3Q9Y6I4 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP3Q9Y6I4 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP3Q9Y6I4 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP3Q9Y6I4 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP3Q9Y6I4 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP3Q9Y6I4 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP3Q9Y6I4 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP3Q9Y6I4 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP3Q9Y6I4 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
USP3Q9Y6I4 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP3Q9Y6I4 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP3Q9Y6I4 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms