Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS4AQ9UN37 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS4AQ9UN37 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS4AQ9UN37 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS4AQ9UN37 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS4AQ9UN37 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS4AQ9UN37 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS4AQ9UN37 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS4AQ9UN37 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS4AQ9UN37 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
VPS4AQ9UN37 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS4AQ9UN37 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS4AQ9UN37 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
VPS4AQ9UN37 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
VPS4AQ9UN37 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS4AQ9UN37 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
VPS4AQ9UN37 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS4AQ9UN37 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS4AQ9UN37 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS4AQ9UN37 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS4AQ9UN37 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS4AQ9UN37 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS4AQ9UN37 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS4AQ9UN37 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS4AQ9UN37 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS4AQ9UN37 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS4AQ9UN37 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS4AQ9UN37 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS4AQ9UN37 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VPS4AQ9UN37 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VPS4AQ9UN37 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
VPS4AQ9UN37 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.5■■□□□ 1.83
VPS4AQ9UN37 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VPS4AQ9UN37 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VPS4AQ9UN37 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS4AQ9UN37 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS4AQ9UN37 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.83
VPS4AQ9UN37 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS4AQ9UN37 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
VPS4AQ9UN37 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS4AQ9UN37 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS4AQ9UN37 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS4AQ9UN37 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS4AQ9UN37 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS4AQ9UN37 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS4AQ9UN37 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS4AQ9UN37 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.81
VPS4AQ9UN37 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS4AQ9UN37 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS4AQ9UN37 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS4AQ9UN37 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS4AQ9UN37 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS4AQ9UN37 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS4AQ9UN37 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS4AQ9UN37 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS4AQ9UN37 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS4AQ9UN37 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS4AQ9UN37 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS4AQ9UN37 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
VPS4AQ9UN37 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS4AQ9UN37 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
VPS4AQ9UN37 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS4AQ9UN37 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
VPS4AQ9UN37 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS4AQ9UN37 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC26.27■■□□□ 1.8
VPS4AQ9UN37 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS4AQ9UN37 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS4AQ9UN37 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS4AQ9UN37 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS4AQ9UN37 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS4AQ9UN37 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS4AQ9UN37 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS4AQ9UN37 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
VPS4AQ9UN37 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.79
VPS4AQ9UN37 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS4AQ9UN37 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS4AQ9UN37 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS4AQ9UN37 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS4AQ9UN37 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS4AQ9UN37 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS4AQ9UN37 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 273.7 ms