Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
KLHL28Q9NXS3 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
KLHL28Q9NXS3 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
KLHL28Q9NXS3 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
KLHL28Q9NXS3 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
KLHL28Q9NXS3 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
KLHL28Q9NXS3 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
KLHL28Q9NXS3 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
KLHL28Q9NXS3 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
KLHL28Q9NXS3 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
KLHL28Q9NXS3 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
KLHL28Q9NXS3 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
KLHL28Q9NXS3 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
KLHL28Q9NXS3 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
KLHL28Q9NXS3 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
KLHL28Q9NXS3 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
KLHL28Q9NXS3 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
KLHL28Q9NXS3 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
KLHL28Q9NXS3 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
KLHL28Q9NXS3 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
KLHL28Q9NXS3 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
KLHL28Q9NXS3 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
KLHL28Q9NXS3 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
KLHL28Q9NXS3 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
KLHL28Q9NXS3 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
KLHL28Q9NXS3 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
KLHL28Q9NXS3 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
KLHL28Q9NXS3 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
KLHL28Q9NXS3 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
KLHL28Q9NXS3 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
KLHL28Q9NXS3 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
KLHL28Q9NXS3 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
KLHL28Q9NXS3 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
KLHL28Q9NXS3 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
KLHL28Q9NXS3 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC25.61■■□□□ 1.69
KLHL28Q9NXS3 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
KLHL28Q9NXS3 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
KLHL28Q9NXS3 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.6■■□□□ 1.69
KLHL28Q9NXS3 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
KLHL28Q9NXS3 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
KLHL28Q9NXS3 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
KLHL28Q9NXS3 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.68
KLHL28Q9NXS3 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
KLHL28Q9NXS3 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
KLHL28Q9NXS3 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
KLHL28Q9NXS3 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
KLHL28Q9NXS3 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
KLHL28Q9NXS3 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
KLHL28Q9NXS3 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
KLHL28Q9NXS3 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
KLHL28Q9NXS3 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
KLHL28Q9NXS3 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
KLHL28Q9NXS3 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
KLHL28Q9NXS3 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
KLHL28Q9NXS3 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
KLHL28Q9NXS3 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
KLHL28Q9NXS3 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
KLHL28Q9NXS3 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
KLHL28Q9NXS3 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
KLHL28Q9NXS3 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
KLHL28Q9NXS3 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
KLHL28Q9NXS3 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
KLHL28Q9NXS3 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
KLHL28Q9NXS3 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
KLHL28Q9NXS3 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
KLHL28Q9NXS3 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
KLHL28Q9NXS3 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
KLHL28Q9NXS3 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
KLHL28Q9NXS3 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
KLHL28Q9NXS3 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
KLHL28Q9NXS3 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
KLHL28Q9NXS3 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
KLHL28Q9NXS3 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
KLHL28Q9NXS3 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
KLHL28Q9NXS3 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
KLHL28Q9NXS3 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
KLHL28Q9NXS3 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
KLHL28Q9NXS3 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
KLHL28Q9NXS3 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
KLHL28Q9NXS3 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
KLHL28Q9NXS3 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
KLHL28Q9NXS3 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
KLHL28Q9NXS3 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
KLHL28Q9NXS3 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
KLHL28Q9NXS3 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
KLHL28Q9NXS3 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
KLHL28Q9NXS3 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
KLHL28Q9NXS3 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
KLHL28Q9NXS3 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
KLHL28Q9NXS3 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
KLHL28Q9NXS3 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
KLHL28Q9NXS3 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
KLHL28Q9NXS3 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
KLHL28Q9NXS3 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
KLHL28Q9NXS3 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
KLHL28Q9NXS3 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
KLHL28Q9NXS3 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
KLHL28Q9NXS3 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
KLHL28Q9NXS3 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
KLHL28Q9NXS3 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.3 ms