Protein–RNA interactions for Protein: Q9H400

LIME1, Lck-interacting transmembrane adapter 1, humanhuman

Predictions only

Length 295 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIME1Q9H400 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
LIME1Q9H400 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIME1Q9H400 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIME1Q9H400 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIME1Q9H400 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIME1Q9H400 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
LIME1Q9H400 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIME1Q9H400 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIME1Q9H400 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIME1Q9H400 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIME1Q9H400 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIME1Q9H400 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIME1Q9H400 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIME1Q9H400 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIME1Q9H400 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIME1Q9H400 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIME1Q9H400 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIME1Q9H400 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
LIME1Q9H400 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIME1Q9H400 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIME1Q9H400 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIME1Q9H400 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIME1Q9H400 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIME1Q9H400 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIME1Q9H400 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIME1Q9H400 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIME1Q9H400 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIME1Q9H400 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIME1Q9H400 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIME1Q9H400 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIME1Q9H400 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIME1Q9H400 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
LIME1Q9H400 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIME1Q9H400 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIME1Q9H400 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIME1Q9H400 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIME1Q9H400 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
LIME1Q9H400 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIME1Q9H400 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIME1Q9H400 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIME1Q9H400 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIME1Q9H400 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.47
LIME1Q9H400 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIME1Q9H400 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIME1Q9H400 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIME1Q9H400 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIME1Q9H400 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIME1Q9H400 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIME1Q9H400 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIME1Q9H400 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIME1Q9H400 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIME1Q9H400 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIME1Q9H400 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIME1Q9H400 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
LIME1Q9H400 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIME1Q9H400 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIME1Q9H400 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
LIME1Q9H400 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIME1Q9H400 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIME1Q9H400 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
LIME1Q9H400 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIME1Q9H400 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
LIME1Q9H400 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIME1Q9H400 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIME1Q9H400 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIME1Q9H400 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIME1Q9H400 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIME1Q9H400 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIME1Q9H400 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIME1Q9H400 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIME1Q9H400 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIME1Q9H400 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIME1Q9H400 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIME1Q9H400 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIME1Q9H400 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIME1Q9H400 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIME1Q9H400 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIME1Q9H400 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIME1Q9H400 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIME1Q9H400 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
LIME1Q9H400 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIME1Q9H400 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIME1Q9H400 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIME1Q9H400 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
LIME1Q9H400 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIME1Q9H400 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
LIME1Q9H400 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIME1Q9H400 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIME1Q9H400 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIME1Q9H400 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIME1Q9H400 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
LIME1Q9H400 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIME1Q9H400 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIME1Q9H400 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIME1Q9H400 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIME1Q9H400 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIME1Q9H400 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIME1Q9H400 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIME1Q9H400 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIME1Q9H400 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms