Protein–RNA interactions for Protein: P50479

PDLIM4, PDZ and LIM domain protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM4P50479 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PDLIM4P50479 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
PDLIM4P50479 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
PDLIM4P50479 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PDLIM4P50479 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PDLIM4P50479 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PDLIM4P50479 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
PDLIM4P50479 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PDLIM4P50479 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PDLIM4P50479 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PDLIM4P50479 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PDLIM4P50479 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PDLIM4P50479 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PDLIM4P50479 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PDLIM4P50479 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PDLIM4P50479 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PDLIM4P50479 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PDLIM4P50479 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
PDLIM4P50479 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
PDLIM4P50479 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PDLIM4P50479 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PDLIM4P50479 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
PDLIM4P50479 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PDLIM4P50479 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
PDLIM4P50479 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
PDLIM4P50479 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PDLIM4P50479 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PDLIM4P50479 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PDLIM4P50479 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PDLIM4P50479 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PDLIM4P50479 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PDLIM4P50479 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PDLIM4P50479 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PDLIM4P50479 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PDLIM4P50479 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
PDLIM4P50479 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
PDLIM4P50479 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
PDLIM4P50479 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
PDLIM4P50479 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
PDLIM4P50479 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PDLIM4P50479 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
PDLIM4P50479 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PDLIM4P50479 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PDLIM4P50479 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
PDLIM4P50479 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PDLIM4P50479 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PDLIM4P50479 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PDLIM4P50479 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
PDLIM4P50479 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
PDLIM4P50479 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PDLIM4P50479 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PDLIM4P50479 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PDLIM4P50479 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PDLIM4P50479 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PDLIM4P50479 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PDLIM4P50479 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PDLIM4P50479 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PDLIM4P50479 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PDLIM4P50479 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PDLIM4P50479 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PDLIM4P50479 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PDLIM4P50479 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PDLIM4P50479 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PDLIM4P50479 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PDLIM4P50479 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PDLIM4P50479 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PDLIM4P50479 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PDLIM4P50479 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PDLIM4P50479 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PDLIM4P50479 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PDLIM4P50479 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
PDLIM4P50479 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PDLIM4P50479 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PDLIM4P50479 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PDLIM4P50479 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PDLIM4P50479 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PDLIM4P50479 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PDLIM4P50479 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PDLIM4P50479 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PDLIM4P50479 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
PDLIM4P50479 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PDLIM4P50479 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PDLIM4P50479 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
PDLIM4P50479 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PDLIM4P50479 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
PDLIM4P50479 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PDLIM4P50479 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
PDLIM4P50479 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
PDLIM4P50479 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
PDLIM4P50479 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
PDLIM4P50479 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
PDLIM4P50479 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
PDLIM4P50479 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
PDLIM4P50479 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
PDLIM4P50479 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
PDLIM4P50479 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
PDLIM4P50479 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
PDLIM4P50479 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
PDLIM4P50479 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
PDLIM4P50479 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms