Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
HOXC9P31274 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
HOXC9P31274 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
HOXC9P31274 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC37.73■■■■□ 3.63
HOXC9P31274 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
HOXC9P31274 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
HOXC9P31274 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
HOXC9P31274 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC37.69■■■■□ 3.62
HOXC9P31274 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
HOXC9P31274 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
HOXC9P31274 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
HOXC9P31274 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC37.66■■■■□ 3.62
HOXC9P31274 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
HOXC9P31274 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
HOXC9P31274 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
HOXC9P31274 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
HOXC9P31274 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.64■■■■□ 3.62
HOXC9P31274 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.63■■■■□ 3.61
HOXC9P31274 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC37.61■■■■□ 3.61
HOXC9P31274 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC37.6■■■■□ 3.61
HOXC9P31274 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC37.59■■■■□ 3.61
HOXC9P31274 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC37.58■■■■□ 3.61
HOXC9P31274 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC37.57■■■■□ 3.6
HOXC9P31274 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC37.56■■■■□ 3.6
HOXC9P31274 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.53■■■■□ 3.6
HOXC9P31274 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.6
HOXC9P31274 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.48■■■■□ 3.59
HOXC9P31274 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
HOXC9P31274 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.45■■■■□ 3.59
HOXC9P31274 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC37.44■■■■□ 3.58
HOXC9P31274 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC37.44■■■■□ 3.58
HOXC9P31274 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC37.44■■■■□ 3.58
HOXC9P31274 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC37.42■■■■□ 3.58
HOXC9P31274 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC37.42■■■■□ 3.58
HOXC9P31274 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC37.42■■■■□ 3.58
HOXC9P31274 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
HOXC9P31274 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
HOXC9P31274 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC37.4■■■■□ 3.58
HOXC9P31274 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
HOXC9P31274 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
HOXC9P31274 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC37.39■■■■□ 3.58
HOXC9P31274 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.39■■■■□ 3.58
HOXC9P31274 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC37.38■■■■□ 3.57
HOXC9P31274 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.38■■■■□ 3.57
HOXC9P31274 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
HOXC9P31274 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
HOXC9P31274 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
HOXC9P31274 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC37.31■■■■□ 3.56
HOXC9P31274 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.29■■■■□ 3.56
HOXC9P31274 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC37.28■■■■□ 3.56
HOXC9P31274 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.28■■■■□ 3.56
HOXC9P31274 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.27■■■■□ 3.56
HOXC9P31274 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.55
HOXC9P31274 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC37.24■■■■□ 3.55
HOXC9P31274 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC37.24■■■■□ 3.55
HOXC9P31274 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.24■■■■□ 3.55
HOXC9P31274 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC37.21■■■■□ 3.55
HOXC9P31274 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.55
HOXC9P31274 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
HOXC9P31274 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC37.19■■■■□ 3.54
HOXC9P31274 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.18■■■■□ 3.54
HOXC9P31274 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
HOXC9P31274 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC37.14■■■■□ 3.54
HOXC9P31274 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.12■■■■□ 3.53
HOXC9P31274 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC37.11■■■■□ 3.53
HOXC9P31274 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
HOXC9P31274 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC37.08■■■■□ 3.53
HOXC9P31274 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC37.08■■■■□ 3.53
HOXC9P31274 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
HOXC9P31274 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.06■■■■□ 3.52
HOXC9P31274 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC37.06■■■■□ 3.52
HOXC9P31274 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC37.06■■■■□ 3.52
HOXC9P31274 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC37.06■■■■□ 3.52
HOXC9P31274 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
HOXC9P31274 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC37.04■■■■□ 3.52
HOXC9P31274 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
HOXC9P31274 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC37.01■■■■□ 3.52
HOXC9P31274 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
HOXC9P31274 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
HOXC9P31274 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.96■■■■□ 3.51
HOXC9P31274 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC36.95■■■■□ 3.51
HOXC9P31274 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC36.95■■■■□ 3.51
HOXC9P31274 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC36.94■■■■□ 3.5
HOXC9P31274 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC36.94■■■■□ 3.5
HOXC9P31274 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC36.94■■■■□ 3.5
HOXC9P31274 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC36.93■■■■□ 3.5
HOXC9P31274 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.91■■■■□ 3.5
HOXC9P31274 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
HOXC9P31274 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.88■■■■□ 3.49
HOXC9P31274 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.87■■■■□ 3.49
HOXC9P31274 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC36.87■■■■□ 3.49
HOXC9P31274 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.86■■■■□ 3.49
HOXC9P31274 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC36.85■■■■□ 3.49
HOXC9P31274 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
HOXC9P31274 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.85■■■■□ 3.49
HOXC9P31274 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
HOXC9P31274 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
HOXC9P31274 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
HOXC9P31274 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC36.82■■■■□ 3.48
HOXC9P31274 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC36.82■■■■□ 3.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms