Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
HOXD9P28356 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXD9P28356 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXD9P28356 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
HOXD9P28356 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
HOXD9P28356 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
HOXD9P28356 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
HOXD9P28356 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
HOXD9P28356 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
HOXD9P28356 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXD9P28356 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXD9P28356 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
HOXD9P28356 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
HOXD9P28356 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
HOXD9P28356 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.18
HOXD9P28356 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.17
HOXD9P28356 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
HOXD9P28356 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
HOXD9P28356 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXD9P28356 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXD9P28356 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXD9P28356 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXD9P28356 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXD9P28356 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXD9P28356 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXD9P28356 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXD9P28356 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXD9P28356 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXD9P28356 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXD9P28356 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
HOXD9P28356 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
HOXD9P28356 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXD9P28356 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXD9P28356 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXD9P28356 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
HOXD9P28356 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
HOXD9P28356 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXD9P28356 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXD9P28356 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
HOXD9P28356 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
HOXD9P28356 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
HOXD9P28356 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
HOXD9P28356 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXD9P28356 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
HOXD9P28356 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
HOXD9P28356 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXD9P28356 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXD9P28356 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXD9P28356 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXD9P28356 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
HOXD9P28356 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
HOXD9P28356 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC28.39■■■□□ 2.13
HOXD9P28356 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXD9P28356 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXD9P28356 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXD9P28356 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXD9P28356 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
HOXD9P28356 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXD9P28356 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXD9P28356 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXD9P28356 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXD9P28356 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXD9P28356 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXD9P28356 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXD9P28356 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXD9P28356 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXD9P28356 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
HOXD9P28356 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HOXD9P28356 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
HOXD9P28356 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
HOXD9P28356 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
HOXD9P28356 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
HOXD9P28356 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
HOXD9P28356 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
HOXD9P28356 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
HOXD9P28356 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HOXD9P28356 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
HOXD9P28356 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HOXD9P28356 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HOXD9P28356 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HOXD9P28356 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXD9P28356 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXD9P28356 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
HOXD9P28356 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HOXD9P28356 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HOXD9P28356 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXD9P28356 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXD9P28356 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXD9P28356 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXD9P28356 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HOXD9P28356 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXD9P28356 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HOXD9P28356 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HOXD9P28356 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HOXD9P28356 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXD9P28356 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXD9P28356 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
HOXD9P28356 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HOXD9P28356 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXD9P28356 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms