Protein–RNA interactions for Protein: P09341

CXCL1, Growth-regulated alpha protein, humanhuman

Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CXCL1P09341 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CXCL1P09341 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CXCL1P09341 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CXCL1P09341 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CXCL1P09341 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CXCL1P09341 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CXCL1P09341 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CXCL1P09341 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CXCL1P09341 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CXCL1P09341 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CXCL1P09341 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CXCL1P09341 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CXCL1P09341 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CXCL1P09341 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CXCL1P09341 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CXCL1P09341 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CXCL1P09341 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CXCL1P09341 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CXCL1P09341 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CXCL1P09341 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CXCL1P09341 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CXCL1P09341 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CXCL1P09341 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CXCL1P09341 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CXCL1P09341 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CXCL1P09341 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CXCL1P09341 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CXCL1P09341 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
CXCL1P09341 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CXCL1P09341 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CXCL1P09341 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CXCL1P09341 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CXCL1P09341 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CXCL1P09341 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CXCL1P09341 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CXCL1P09341 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CXCL1P09341 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CXCL1P09341 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CXCL1P09341 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CXCL1P09341 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CXCL1P09341 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CXCL1P09341 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CXCL1P09341 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CXCL1P09341 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CXCL1P09341 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CXCL1P09341 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CXCL1P09341 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CXCL1P09341 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CXCL1P09341 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CXCL1P09341 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CXCL1P09341 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CXCL1P09341 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CXCL1P09341 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CXCL1P09341 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CXCL1P09341 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CXCL1P09341 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CXCL1P09341 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CXCL1P09341 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CXCL1P09341 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CXCL1P09341 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CXCL1P09341 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CXCL1P09341 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CXCL1P09341 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CXCL1P09341 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CXCL1P09341 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CXCL1P09341 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CXCL1P09341 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CXCL1P09341 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CXCL1P09341 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CXCL1P09341 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CXCL1P09341 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CXCL1P09341 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CXCL1P09341 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CXCL1P09341 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CXCL1P09341 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CXCL1P09341 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CXCL1P09341 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CXCL1P09341 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CXCL1P09341 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CXCL1P09341 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CXCL1P09341 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CXCL1P09341 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CXCL1P09341 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms