Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC11O43248 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC11O43248 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
HOXC11O43248 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
HOXC11O43248 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
HOXC11O43248 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
HOXC11O43248 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
HOXC11O43248 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
HOXC11O43248 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
HOXC11O43248 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
HOXC11O43248 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
HOXC11O43248 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
HOXC11O43248 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
HOXC11O43248 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
HOXC11O43248 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXC11O43248 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXC11O43248 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXC11O43248 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXC11O43248 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
HOXC11O43248 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
HOXC11O43248 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXC11O43248 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXC11O43248 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXC11O43248 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXC11O43248 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXC11O43248 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC11O43248 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXC11O43248 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXC11O43248 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
HOXC11O43248 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
HOXC11O43248 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
HOXC11O43248 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
HOXC11O43248 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXC11O43248 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXC11O43248 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
HOXC11O43248 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
HOXC11O43248 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXC11O43248 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXC11O43248 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXC11O43248 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
HOXC11O43248 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC11O43248 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXC11O43248 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXC11O43248 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
HOXC11O43248 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXC11O43248 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXC11O43248 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXC11O43248 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXC11O43248 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXC11O43248 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXC11O43248 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXC11O43248 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXC11O43248 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HOXC11O43248 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
HOXC11O43248 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HOXC11O43248 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HOXC11O43248 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HOXC11O43248 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.12
HOXC11O43248 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
HOXC11O43248 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
HOXC11O43248 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC28.26■■■□□ 2.11
HOXC11O43248 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
HOXC11O43248 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
HOXC11O43248 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
HOXC11O43248 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
HOXC11O43248 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
HOXC11O43248 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC28.25■■■□□ 2.11
HOXC11O43248 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
HOXC11O43248 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HOXC11O43248 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HOXC11O43248 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HOXC11O43248 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
HOXC11O43248 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC11O43248 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
HOXC11O43248 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC11O43248 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC11O43248 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC11O43248 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC11O43248 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
HOXC11O43248 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC11O43248 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HOXC11O43248 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HOXC11O43248 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HOXC11O43248 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HOXC11O43248 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
HOXC11O43248 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
HOXC11O43248 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC11O43248 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HOXC11O43248 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
HOXC11O43248 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HOXC11O43248 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
HOXC11O43248 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
HOXC11O43248 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
HOXC11O43248 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC11O43248 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC11O43248 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC11O43248 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXC11O43248 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
HOXC11O43248 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXC11O43248 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57 ms