Protein–RNA interactions for Protein: O15347

HMGB3, High mobility group protein B3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB3O15347 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HMGB3O15347 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HMGB3O15347 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HMGB3O15347 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HMGB3O15347 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGB3O15347 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGB3O15347 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGB3O15347 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGB3O15347 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGB3O15347 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGB3O15347 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
HMGB3O15347 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HMGB3O15347 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGB3O15347 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HMGB3O15347 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HMGB3O15347 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HMGB3O15347 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HMGB3O15347 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HMGB3O15347 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HMGB3O15347 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HMGB3O15347 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HMGB3O15347 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HMGB3O15347 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HMGB3O15347 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HMGB3O15347 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HMGB3O15347 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HMGB3O15347 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HMGB3O15347 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HMGB3O15347 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGB3O15347 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGB3O15347 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGB3O15347 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HMGB3O15347 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HMGB3O15347 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HMGB3O15347 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HMGB3O15347 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HMGB3O15347 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HMGB3O15347 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HMGB3O15347 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HMGB3O15347 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HMGB3O15347 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HMGB3O15347 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HMGB3O15347 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HMGB3O15347 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HMGB3O15347 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HMGB3O15347 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HMGB3O15347 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HMGB3O15347 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HMGB3O15347 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HMGB3O15347 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HMGB3O15347 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HMGB3O15347 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HMGB3O15347 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HMGB3O15347 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HMGB3O15347 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HMGB3O15347 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HMGB3O15347 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HMGB3O15347 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HMGB3O15347 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HMGB3O15347 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HMGB3O15347 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HMGB3O15347 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HMGB3O15347 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HMGB3O15347 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HMGB3O15347 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HMGB3O15347 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HMGB3O15347 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HMGB3O15347 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HMGB3O15347 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HMGB3O15347 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HMGB3O15347 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HMGB3O15347 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HMGB3O15347 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HMGB3O15347 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
HMGB3O15347 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HMGB3O15347 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HMGB3O15347 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HMGB3O15347 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HMGB3O15347 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
HMGB3O15347 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HMGB3O15347 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HMGB3O15347 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HMGB3O15347 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HMGB3O15347 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HMGB3O15347 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HMGB3O15347 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HMGB3O15347 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HMGB3O15347 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HMGB3O15347 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HMGB3O15347 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HMGB3O15347 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
HMGB3O15347 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGB3O15347 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGB3O15347 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGB3O15347 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HMGB3O15347 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HMGB3O15347 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HMGB3O15347 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
HMGB3O15347 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
HMGB3O15347 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.7 ms