Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC28.64■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
TRIM28Q13263 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
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