Protein–RNA interactions for Protein: Q9UI33

SCN11A, Sodium channel protein type 11 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,791 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN11AQ9UI33 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC30.16■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC30.16■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC30.15■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC30.14■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC30.14■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
SCN11AQ9UI33 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.14■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC30.13■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC30.09■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC30.09■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.41
SCN11AQ9UI33 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC30.06■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC30.05■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC30.05■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
SCN11AQ9UI33 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms