Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC54Q8NEL0 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC54Q8NEL0 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC54Q8NEL0 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC54Q8NEL0 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC54Q8NEL0 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC54Q8NEL0 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC54Q8NEL0 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC54Q8NEL0 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC54Q8NEL0 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC54Q8NEL0 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC54Q8NEL0 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC54Q8NEL0 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC54Q8NEL0 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC54Q8NEL0 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC54Q8NEL0 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC54Q8NEL0 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC54Q8NEL0 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC54Q8NEL0 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC54Q8NEL0 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC54Q8NEL0 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC54Q8NEL0 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC54Q8NEL0 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC54Q8NEL0 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC54Q8NEL0 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC54Q8NEL0 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC54Q8NEL0 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC54Q8NEL0 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC54Q8NEL0 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC54Q8NEL0 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC54Q8NEL0 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC54Q8NEL0 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC54Q8NEL0 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC54Q8NEL0 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC54Q8NEL0 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC54Q8NEL0 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC54Q8NEL0 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC54Q8NEL0 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC54Q8NEL0 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC54Q8NEL0 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC54Q8NEL0 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC54Q8NEL0 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC54Q8NEL0 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC54Q8NEL0 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC54Q8NEL0 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC54Q8NEL0 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC54Q8NEL0 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC54Q8NEL0 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC54Q8NEL0 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC54Q8NEL0 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC54Q8NEL0 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC54Q8NEL0 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC54Q8NEL0 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC54Q8NEL0 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC54Q8NEL0 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC54Q8NEL0 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC54Q8NEL0 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC54Q8NEL0 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC54Q8NEL0 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC54Q8NEL0 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC54Q8NEL0 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC54Q8NEL0 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC54Q8NEL0 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC54Q8NEL0 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC54Q8NEL0 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC54Q8NEL0 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC54Q8NEL0 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC54Q8NEL0 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC54Q8NEL0 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC54Q8NEL0 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC54Q8NEL0 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC54Q8NEL0 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC54Q8NEL0 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC54Q8NEL0 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC54Q8NEL0 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC54Q8NEL0 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC54Q8NEL0 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC54Q8NEL0 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC54Q8NEL0 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC54Q8NEL0 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC54Q8NEL0 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC54Q8NEL0 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC54Q8NEL0 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC54Q8NEL0 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC54Q8NEL0 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC54Q8NEL0 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC54Q8NEL0 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC54Q8NEL0 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC54Q8NEL0 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC54Q8NEL0 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC54Q8NEL0 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC54Q8NEL0 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC54Q8NEL0 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC54Q8NEL0 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC54Q8NEL0 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC54Q8NEL0 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC54Q8NEL0 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC54Q8NEL0 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms