Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
PDLIM3Q53GG5 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PDLIM3Q53GG5 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PDLIM3Q53GG5 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PDLIM3Q53GG5 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PDLIM3Q53GG5 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
PDLIM3Q53GG5 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
PDLIM3Q53GG5 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
PDLIM3Q53GG5 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
PDLIM3Q53GG5 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PDLIM3Q53GG5 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PDLIM3Q53GG5 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
PDLIM3Q53GG5 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
PDLIM3Q53GG5 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PDLIM3Q53GG5 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PDLIM3Q53GG5 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PDLIM3Q53GG5 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PDLIM3Q53GG5 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PDLIM3Q53GG5 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PDLIM3Q53GG5 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PDLIM3Q53GG5 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PDLIM3Q53GG5 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PDLIM3Q53GG5 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PDLIM3Q53GG5 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PDLIM3Q53GG5 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PDLIM3Q53GG5 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PDLIM3Q53GG5 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PDLIM3Q53GG5 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PDLIM3Q53GG5 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PDLIM3Q53GG5 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PDLIM3Q53GG5 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PDLIM3Q53GG5 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PDLIM3Q53GG5 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PDLIM3Q53GG5 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PDLIM3Q53GG5 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PDLIM3Q53GG5 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PDLIM3Q53GG5 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PDLIM3Q53GG5 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
PDLIM3Q53GG5 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PDLIM3Q53GG5 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PDLIM3Q53GG5 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PDLIM3Q53GG5 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PDLIM3Q53GG5 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PDLIM3Q53GG5 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
PDLIM3Q53GG5 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
PDLIM3Q53GG5 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
PDLIM3Q53GG5 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
PDLIM3Q53GG5 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PDLIM3Q53GG5 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PDLIM3Q53GG5 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
PDLIM3Q53GG5 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PDLIM3Q53GG5 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
PDLIM3Q53GG5 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PDLIM3Q53GG5 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PDLIM3Q53GG5 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PDLIM3Q53GG5 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PDLIM3Q53GG5 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PDLIM3Q53GG5 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PDLIM3Q53GG5 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PDLIM3Q53GG5 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
PDLIM3Q53GG5 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
PDLIM3Q53GG5 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
PDLIM3Q53GG5 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
PDLIM3Q53GG5 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
PDLIM3Q53GG5 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
PDLIM3Q53GG5 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
PDLIM3Q53GG5 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
PDLIM3Q53GG5 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
PDLIM3Q53GG5 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
PDLIM3Q53GG5 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
PDLIM3Q53GG5 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
PDLIM3Q53GG5 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
PDLIM3Q53GG5 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
PDLIM3Q53GG5 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PDLIM3Q53GG5 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
PDLIM3Q53GG5 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PDLIM3Q53GG5 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PDLIM3Q53GG5 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PDLIM3Q53GG5 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PDLIM3Q53GG5 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
PDLIM3Q53GG5 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PDLIM3Q53GG5 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PDLIM3Q53GG5 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PDLIM3Q53GG5 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms