Protein–RNA interactions for Protein: P02458

COL2A1, Collagen alpha-1(II) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,487 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL2A1P02458 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
COL2A1P02458 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.74■■■■□ 3.15
COL2A1P02458 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC34.72■■■■□ 3.15
COL2A1P02458 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
COL2A1P02458 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC34.61■■■■□ 3.13
COL2A1P02458 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.58■■■■□ 3.13
COL2A1P02458 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
COL2A1P02458 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC34.55■■■■□ 3.12
COL2A1P02458 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC34.53■■■■□ 3.12
COL2A1P02458 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC34.53■■■■□ 3.12
COL2A1P02458 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
COL2A1P02458 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
COL2A1P02458 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
COL2A1P02458 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
COL2A1P02458 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.1
COL2A1P02458 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
COL2A1P02458 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC34.4■■■■□ 3.1
COL2A1P02458 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
COL2A1P02458 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC34.37■■■■□ 3.09
COL2A1P02458 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC34.36■■■■□ 3.09
COL2A1P02458 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC34.35■■■■□ 3.09
COL2A1P02458 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
COL2A1P02458 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
COL2A1P02458 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC34.32■■■■□ 3.08
COL2A1P02458 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
COL2A1P02458 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC34.24■■■■□ 3.07
COL2A1P02458 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
COL2A1P02458 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
COL2A1P02458 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
COL2A1P02458 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC34.19■■■■□ 3.06
COL2A1P02458 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
COL2A1P02458 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
COL2A1P02458 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
COL2A1P02458 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
COL2A1P02458 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
COL2A1P02458 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC34.1■■■■□ 3.05
COL2A1P02458 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC34.1■■■■□ 3.05
COL2A1P02458 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
COL2A1P02458 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC34.08■■■■□ 3.05
COL2A1P02458 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC34■■■■□ 3.03
COL2A1P02458 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC33.99■■■■□ 3.03
COL2A1P02458 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.99■■■■□ 3.03
COL2A1P02458 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
COL2A1P02458 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC33.97■■■■□ 3.03
COL2A1P02458 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC33.94■■■■□ 3.02
COL2A1P02458 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.94■■■■□ 3.02
COL2A1P02458 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC33.93■■■■□ 3.02
COL2A1P02458 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC33.92■■■■□ 3.02
COL2A1P02458 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC33.88■■■■□ 3.01
COL2A1P02458 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC33.88■■■■□ 3.01
COL2A1P02458 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
COL2A1P02458 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
COL2A1P02458 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC33.87■■■■□ 3.01
COL2A1P02458 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
COL2A1P02458 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC33.84■■■■□ 3.01
COL2A1P02458 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
COL2A1P02458 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC33.83■■■■□ 3.01
COL2A1P02458 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC33.8■■■■□ 3
COL2A1P02458 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC33.77■■■■□ 3
COL2A1P02458 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC33.76■■■■□ 3
COL2A1P02458 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
COL2A1P02458 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC33.75■■■□□ 2.99
COL2A1P02458 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
COL2A1P02458 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
COL2A1P02458 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC33.73■■■□□ 2.99
COL2A1P02458 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
COL2A1P02458 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC33.66■■■□□ 2.98
COL2A1P02458 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.65■■■□□ 2.98
COL2A1P02458 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
COL2A1P02458 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
COL2A1P02458 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL2A1P02458 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL2A1P02458 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL2A1P02458 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC33.62■■■□□ 2.97
COL2A1P02458 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL2A1P02458 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
COL2A1P02458 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC33.59■■■□□ 2.97
COL2A1P02458 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL2A1P02458 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
COL2A1P02458 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC33.55■■■□□ 2.96
COL2A1P02458 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
COL2A1P02458 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
COL2A1P02458 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC33.52■■■□□ 2.96
COL2A1P02458 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
COL2A1P02458 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC33.45■■■□□ 2.95
COL2A1P02458 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
COL2A1P02458 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
COL2A1P02458 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
COL2A1P02458 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
COL2A1P02458 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL2A1P02458 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL2A1P02458 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
COL2A1P02458 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
COL2A1P02458 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL2A1P02458 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL2A1P02458 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL2A1P02458 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC33.37■■■□□ 2.93
COL2A1P02458 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
COL2A1P02458 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
COL2A1P02458 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms