Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SDC1P18827 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SDC1P18827 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SDC1P18827 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SDC1P18827 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SDC1P18827 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SDC1P18827 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SDC1P18827 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
SDC1P18827 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SDC1P18827 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SDC1P18827 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SDC1P18827 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SDC1P18827 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SDC1P18827 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SDC1P18827 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SDC1P18827 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SDC1P18827 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SDC1P18827 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SDC1P18827 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SDC1P18827 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDC1P18827 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDC1P18827 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
SDC1P18827 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDC1P18827 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
SDC1P18827 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDC1P18827 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC1P18827 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC1P18827 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC1P18827 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC1P18827 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC1P18827 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC1P18827 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC1P18827 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC1P18827 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC1P18827 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SDC1P18827 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SDC1P18827 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
SDC1P18827 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SDC1P18827 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SDC1P18827 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SDC1P18827 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SDC1P18827 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SDC1P18827 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SDC1P18827 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SDC1P18827 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SDC1P18827 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SDC1P18827 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SDC1P18827 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC1P18827 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC1P18827 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC1P18827 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC1P18827 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC1P18827 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SDC1P18827 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SDC1P18827 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SDC1P18827 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
SDC1P18827 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SDC1P18827 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC1P18827 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC1P18827 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC1P18827 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC1P18827 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC1P18827 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC1P18827 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC1P18827 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC1P18827 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC1P18827 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SDC1P18827 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
SDC1P18827 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SDC1P18827 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
SDC1P18827 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SDC1P18827 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SDC1P18827 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SDC1P18827 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SDC1P18827 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SDC1P18827 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
SDC1P18827 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SDC1P18827 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SDC1P18827 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SDC1P18827 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SDC1P18827 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SDC1P18827 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SDC1P18827 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SDC1P18827 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SDC1P18827 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SDC1P18827 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDC1P18827 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDC1P18827 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDC1P18827 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDC1P18827 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDC1P18827 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDC1P18827 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDC1P18827 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDC1P18827 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC1P18827 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC1P18827 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC1P18827 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC1P18827 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC1P18827 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC1P18827 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms