Protein–RNA interactions for Protein: P12004

PCNA, Proliferating cell nuclear antigen, humanhuman

Predictions only

Length 261 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCNAP12004 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCNAP12004 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCNAP12004 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCNAP12004 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCNAP12004 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
PCNAP12004 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PCNAP12004 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
PCNAP12004 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
PCNAP12004 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PCNAP12004 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PCNAP12004 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
PCNAP12004 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
PCNAP12004 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
PCNAP12004 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
PCNAP12004 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PCNAP12004 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PCNAP12004 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PCNAP12004 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PCNAP12004 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PCNAP12004 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PCNAP12004 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
PCNAP12004 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PCNAP12004 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PCNAP12004 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCNAP12004 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCNAP12004 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCNAP12004 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCNAP12004 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCNAP12004 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCNAP12004 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCNAP12004 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCNAP12004 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCNAP12004 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCNAP12004 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCNAP12004 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCNAP12004 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCNAP12004 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCNAP12004 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCNAP12004 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCNAP12004 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCNAP12004 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCNAP12004 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCNAP12004 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
PCNAP12004 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PCNAP12004 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PCNAP12004 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PCNAP12004 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCNAP12004 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCNAP12004 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCNAP12004 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCNAP12004 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCNAP12004 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCNAP12004 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCNAP12004 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCNAP12004 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCNAP12004 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCNAP12004 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCNAP12004 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCNAP12004 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCNAP12004 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCNAP12004 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCNAP12004 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCNAP12004 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCNAP12004 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCNAP12004 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCNAP12004 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
PCNAP12004 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCNAP12004 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PCNAP12004 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PCNAP12004 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PCNAP12004 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
PCNAP12004 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
PCNAP12004 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCNAP12004 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCNAP12004 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCNAP12004 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
PCNAP12004 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCNAP12004 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCNAP12004 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCNAP12004 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
PCNAP12004 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCNAP12004 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCNAP12004 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCNAP12004 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCNAP12004 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCNAP12004 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCNAP12004 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCNAP12004 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCNAP12004 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCNAP12004 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCNAP12004 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCNAP12004 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCNAP12004 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCNAP12004 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCNAP12004 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCNAP12004 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCNAP12004 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCNAP12004 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCNAP12004 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCNAP12004 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms