Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SKA1Q96BD8 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SKA1Q96BD8 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SKA1Q96BD8 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms