Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.71■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC33.71■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC33.71■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC33.69■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.68■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC33.68■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC33.68■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.66■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.65■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC33.65■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC33.64■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC33.64■■■□□ 2.98
USP54Q70EL1 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.63■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC33.63■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC33.62■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC33.61■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC33.61■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC33.6■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC33.6■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC33.6■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC33.58■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
USP54Q70EL1 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC33.57■■■□□ 2.96
USP54Q70EL1 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC33.57■■■□□ 2.96
USP54Q70EL1 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
USP54Q70EL1 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC33.56■■■□□ 2.96
USP54Q70EL1 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
USP54Q70EL1 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
USP54Q70EL1 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
USP54Q70EL1 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.54■■■□□ 2.96
USP54Q70EL1 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC33.54■■■□□ 2.96
USP54Q70EL1 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
USP54Q70EL1 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
USP54Q70EL1 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
USP54Q70EL1 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC33.52■■■□□ 2.96
USP54Q70EL1 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
USP54Q70EL1 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
USP54Q70EL1 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
USP54Q70EL1 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC33.51■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.51■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC33.51■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC33.51■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC33.51■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC33.51■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC33.5■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.49■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC33.48■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC33.48■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC33.48■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC33.48■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC33.48■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.48■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC33.48■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.47■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.45■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC33.45■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC33.45■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.45■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
USP54Q70EL1 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC33.44■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
USP54Q70EL1 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 309.2 ms