Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC31.26■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC31.26■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC31.25■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.24■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.24■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.24■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC31.22■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC31.22■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC31.22■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC31.21■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC31.21■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC31.2■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC31.2■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC31.2■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
TRIM28Q13263 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC31.2■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC31.18■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC31.18■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC31.18■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC31.17■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.17■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC31.17■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC31.16■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.16■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC31.16■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.14■■■□□ 2.58
TRIM28Q13263 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC31.12■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.11■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC31.11■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC31.11■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC31.08■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.08■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC31.08■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC31.08■■■□□ 2.57
TRIM28Q13263 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.07■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC31.07■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC31.07■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC31.07■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC31.06■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC31.06■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC31.05■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC31.05■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.05■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC31.05■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC31.04■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.04■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
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