Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC27.31■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC27.31■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.96
PCIF1Q9H4Z3 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC27.25■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.23■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
PCIF1Q9H4Z3 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
PCIF1Q9H4Z3 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.6 ms