Protein–RNA interactions for Protein: Q8N8U3

RTL3, Retrotransposon Gag-like protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 475 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTL3Q8N8U3 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
RTL3Q8N8U3 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC25.63■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
RTL3Q8N8U3 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.54■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
RTL3Q8N8U3 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms