Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.99■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.99■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC33.99■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC33.99■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC33.97■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC33.97■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC33.96■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC33.96■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC33.96■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC33.96■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC33.96■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.96■■■■□ 3.03
USP54Q70EL1 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
USP54Q70EL1 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.94■■■■□ 3.02
USP54Q70EL1 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
USP54Q70EL1 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
USP54Q70EL1 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
USP54Q70EL1 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
USP54Q70EL1 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
USP54Q70EL1 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC33.92■■■■□ 3.02
USP54Q70EL1 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC33.92■■■■□ 3.02
USP54Q70EL1 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
USP54Q70EL1 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC33.91■■■■□ 3.02
USP54Q70EL1 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC33.9■■■■□ 3.02
USP54Q70EL1 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC33.9■■■■□ 3.02
USP54Q70EL1 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC33.9■■■■□ 3.02
USP54Q70EL1 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
USP54Q70EL1 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.88■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC33.87■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC33.87■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC33.87■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC33.87■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC33.86■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC33.85■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC33.84■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC33.84■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.84■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC33.84■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC33.84■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC33.84■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC33.83■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC33.83■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
USP54Q70EL1 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
USP54Q70EL1 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
USP54Q70EL1 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.82■■■■□ 3
USP54Q70EL1 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.82■■■■□ 3
USP54Q70EL1 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC33.81■■■■□ 3
USP54Q70EL1 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
USP54Q70EL1 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
USP54Q70EL1 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.81■■■■□ 3
USP54Q70EL1 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
USP54Q70EL1 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC33.8■■■■□ 3
USP54Q70EL1 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
USP54Q70EL1 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
USP54Q70EL1 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC33.79■■■■□ 3
USP54Q70EL1 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
USP54Q70EL1 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
USP54Q70EL1 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
USP54Q70EL1 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
USP54Q70EL1 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
USP54Q70EL1 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
USP54Q70EL1 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
USP54Q70EL1 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
USP54Q70EL1 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
USP54Q70EL1 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
USP54Q70EL1 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC33.75■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC33.74■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC33.73■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC33.73■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC33.73■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC33.73■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
USP54Q70EL1 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.3 ms