Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SDC1P18827 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
SDC1P18827 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SDC1P18827 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SDC1P18827 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SDC1P18827 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SDC1P18827 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SDC1P18827 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.39
SDC1P18827 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SDC1P18827 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SDC1P18827 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SDC1P18827 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SDC1P18827 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SDC1P18827 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SDC1P18827 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SDC1P18827 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC1P18827 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC1P18827 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC1P18827 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC1P18827 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC1P18827 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC1P18827 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC1P18827 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC1P18827 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC1P18827 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC1P18827 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC1P18827 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC1P18827 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC1P18827 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC1P18827 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC1P18827 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC1P18827 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC1P18827 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SDC1P18827 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SDC1P18827 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC1P18827 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC1P18827 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC1P18827 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC1P18827 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC1P18827 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC1P18827 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC1P18827 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC1P18827 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC1P18827 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC1P18827 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC1P18827 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
SDC1P18827 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SDC1P18827 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SDC1P18827 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SDC1P18827 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SDC1P18827 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SDC1P18827 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
SDC1P18827 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SDC1P18827 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SDC1P18827 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC1P18827 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC1P18827 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC1P18827 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SDC1P18827 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC1P18827 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC1P18827 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC1P18827 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC1P18827 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC1P18827 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
SDC1P18827 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC1P18827 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SDC1P18827 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC1P18827 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC1P18827 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC1P18827 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC1P18827 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC1P18827 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC1P18827 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC1P18827 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC1P18827 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC1P18827 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SDC1P18827 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC1P18827 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC1P18827 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC1P18827 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC1P18827 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC1P18827 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC1P18827 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC1P18827 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC1P18827 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC1P18827 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC1P18827 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC1P18827 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC1P18827 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SDC1P18827 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC1P18827 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SDC1P18827 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SDC1P18827 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SDC1P18827 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SDC1P18827 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SDC1P18827 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SDC1P18827 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC1P18827 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC1P18827 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SDC1P18827 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms