Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC29.12■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC29.09■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC29.08■■■□□ 2.25
SNHG28P0DPA3 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SNHG28P0DPA3 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
SNHG28P0DPA3 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SNHG28P0DPA3 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SNHG28P0DPA3 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SNHG28P0DPA3 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SNHG28P0DPA3 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
SNHG28P0DPA3 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
SNHG28P0DPA3 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
SNHG28P0DPA3 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
SNHG28P0DPA3 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
SNHG28P0DPA3 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SNHG28P0DPA3 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC28.9■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
SNHG28P0DPA3 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
SNHG28P0DPA3 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.1 ms