Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SCN2AQ99250 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SCN2AQ99250 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SCN2AQ99250 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN2AQ99250 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.3 ms