Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
TRERF1Q96PN7 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
TRERF1Q96PN7 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
TRERF1Q96PN7 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
TRERF1Q96PN7 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
TRERF1Q96PN7 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
TRERF1Q96PN7 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
TRERF1Q96PN7 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
TRERF1Q96PN7 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
TRERF1Q96PN7 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
TRERF1Q96PN7 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
TRERF1Q96PN7 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
TRERF1Q96PN7 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRERF1Q96PN7 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRERF1Q96PN7 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
TRERF1Q96PN7 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC29.05■■■□□ 2.24
TRERF1Q96PN7 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRERF1Q96PN7 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRERF1Q96PN7 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
TRERF1Q96PN7 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
TRERF1Q96PN7 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
TRERF1Q96PN7 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
TRERF1Q96PN7 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
TRERF1Q96PN7 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
TRERF1Q96PN7 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
TRERF1Q96PN7 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.24
TRERF1Q96PN7 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC29.01■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC29■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC28.96■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
TRERF1Q96PN7 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
TRERF1Q96PN7 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 89.5 ms