Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 XRCC6-205ENST00000405878 2200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.84□□□□□ -0.838e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 XRCC6-203ENST00000402580 2006 ntTSL 2 BASIC9.71□□□□□ -0.868e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 XRCC6-207ENST00000464116 359 ntTSL 29.22□□□□□ -0.938e-8■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 PRPF40A-212ENST00000545856 1358 ntTSL 1 (best)15.36■□□□□ 0.052e-11■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 PRPF40A-201ENST00000354363 1622 ntTSL 213.3□□□□□ -0.282e-11■■■□□ 17.5
CPSF6Q16630 FBXO5-202ENST00000367241 2221 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.087e-7■■■□□ 17.3
CPSF6Q16630 FBXO5-201ENST00000229758 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.337e-7■■■□□ 17.3
CPSF6Q16630 FBXO5-203ENST00000477822 2610 ntTSL 26.79□□□□□ -1.327e-7■■■□□ 17.3
CPSF6Q16630 TARDBP-201ENST00000240185 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.198e-8■■■□□ 17.3
CPSF6Q16630 TARDBP-210ENST00000496840 692 ntTSL 310.87□□□□□ -0.678e-8■■■□□ 17.3
CPSF6Q16630 AL109811.4-201ENST00000614757 1793 ntTSL 5 BASIC9.18□□□□□ -0.948e-8■■■□□ 17.3
CPSF6Q16630 TARDBP-212ENST00000611008 929 ntTSL 57.9□□□□□ -1.148e-8■■■□□ 17.3
CPSF6Q16630 TARDBP-209ENST00000480464 790 ntTSL 27.9□□□□□ -1.148e-8■■■□□ 17.3
CPSF6Q16630 AL109811.4-203ENST00000612542 554 ntAPPRIS P1 TSL 55.75□□□□□ -1.498e-8■■■□□ 17.3
CPSF6Q16630 AL109811.4-205ENST00000620028 763 ntTSL 55.19□□□□□ -1.588e-8■■■□□ 17.3
CPSF6Q16630 AL109811.4-204ENST00000622108 645 ntTSL 55.15□□□□□ -1.598e-8■■■□□ 17.3
CPSF6Q16630 AL109811.4-202ENST00000611136 700 ntTSL 54.88□□□□□ -1.638e-8■■■□□ 17.3
CPSF6Q16630 SLTM-206ENST00000480144 2277 ntTSL 212.81□□□□□ -0.367e-7■■■□□ 17.2
CPSF6Q16630 SLTM-218ENST00000559261 708 ntTSL 510.53□□□□□ -0.727e-7■■■□□ 17.2
CPSF6Q16630 SLTM-220ENST00000559880 717 ntTSL 310.03□□□□□ -0.87e-7■■■□□ 17.2
CPSF6Q16630 SLTM-221ENST00000560012 551 ntTSL 49.96□□□□□ -0.827e-7■■■□□ 17.2
CPSF6Q16630 SLTM-226ENST00000628684 1040 ntTSL 5 BASIC9.36□□□□□ -0.917e-7■■■□□ 17.2
CPSF6Q16630 SLTM-215ENST00000558486 585 ntTSL 47.65□□□□□ -1.187e-7■■■□□ 17.2
CPSF6Q16630 SLTM-217ENST00000558756 896 ntTSL 57.65□□□□□ -1.187e-7■■■□□ 17.2
CPSF6Q16630 SLTM-201ENST00000249736 1373 ntAPPRIS ALT2 TSL 56.94□□□□□ -1.37e-7■■■□□ 17.2
CPSF6Q16630 SLTM-213ENST00000557950 924 ntTSL 36.36□□□□□ -1.397e-7■■■□□ 17.2
CPSF6Q16630 SLTM-219ENST00000559305 559 ntTSL 44.6□□□□□ -1.677e-7■■■□□ 17.2
CPSF6Q16630 SLTM-224ENST00000560682 495 ntTSL 34.48□□□□□ -1.697e-7■■■□□ 17.2
CPSF6Q16630 GPCPD1-201ENST00000379019 5489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.04□□□□□ -1.282e-8■■■□□ 17.2
CPSF6Q16630 GPCPD1-205ENST00000481038 6649 ntTSL 24.2□□□□□ -1.742e-8■■■□□ 17.2
CPSF6Q16630 GPCPD1-202ENST00000418646 4015 ntTSL 54.19□□□□□ -1.742e-8■■■□□ 17.2
CPSF6Q16630 SLC30A6-209ENST00000457724 570 ntTSL 47.78□□□□□ -1.161e-6■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 SLC30A6-201ENST00000282587 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.81□□□□□ -1.321e-6■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 SLC30A6-206ENST00000440718 573 ntTSL 45.64□□□□□ -1.511e-6■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 SLC30A6-207ENST00000449777 2207 ntTSL 25.17□□□□□ -1.581e-6■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 SLC30A6-205ENST00000435660 4776 ntTSL 1 (best) BASIC4.46□□□□□ -1.71e-6■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 SLC30A6-208ENST00000454324 2359 ntTSL 24.44□□□□□ -1.71e-6■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 SLC30A6-204ENST00000406369 4589 ntTSL 1 (best) BASIC3.77□□□□□ -1.811e-6■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 SLC30A6-203ENST00000379343 2354 ntTSL 1 (best) BASIC3.6□□□□□ -1.831e-6■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 SLC30A6-202ENST00000357055 4758 ntTSL 2 BASIC2.71□□□□□ -1.981e-6■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 EIF5B-205ENST00000617677 4698 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC10.62□□□□□ -0.712e-7■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 EIF5B-201ENST00000289371 5777 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.16□□□□□ -0.942e-7■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 G3BP1-202ENST00000394123 10240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.73□□□□□ -1.492e-27■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.924e-8■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.644e-8■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 RDX-211ENST00000530749 2558 ntTSL 221.25■□□□□ 0.994e-8■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.994e-8■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.824e-8■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.784e-8■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 KCNH2-204ENST00000461280 2430 ntTSL 1 (best)18.92■□□□□ 0.624e-8■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.614e-8■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.464e-8■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 KCNH2-205ENST00000473610 2782 ntTSL 217.64■□□□□ 0.414e-8■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 KCNH2-206ENST00000532957 3374 ntTSL 217.61■□□□□ 0.414e-8■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 MED8-203ENST00000372457 1924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.11□□□□□ -0.632e-8■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 MED8-201ENST00000290663 1483 ntTSL 5 BASIC10.78□□□□□ -0.682e-8■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 MED8-202ENST00000372455 1186 ntTSL 1 (best) BASIC9.08□□□□□ -0.962e-8■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.921e-7■■■□□ 16.8
CPSF6Q16630 POLR3GL-203ENST00000471706 755 ntTSL 520.8■□□□□ 0.921e-7■■■□□ 16.8
CPSF6Q16630 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.031e-7■■■□□ 16.8
CPSF6Q16630 POLR3GL-204ENST00000622508 1600 ntTSL 1 (best)13.58□□□□□ -0.241e-7■■■□□ 16.8
CPSF6Q16630 TFRC-205ENST00000426789 354 ntTSL 35.24□□□□□ -1.572e-15■■■□□ 16.8
CPSF6Q16630 PPIG-202ENST00000409714 2615 ntTSL 1 (best) BASIC10.12□□□□□ -0.794e-7■■■□□ 16.6
CPSF6Q16630 PPIG-201ENST00000260970 6368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.98□□□□□ -1.614e-7■■■□□ 16.6
CPSF6Q16630 RABGGTB-201ENST00000319942 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.82□□□□□ -0.842e-7■■■□□ 16.6
CPSF6Q16630 RABGGTB-203ENST00000459697 1177 ntTSL 26.7□□□□□ -1.342e-7■■■□□ 16.6
CPSF6Q16630 RABGGTB-208ENST00000471759 2137 ntTSL 25.8□□□□□ -1.482e-7■■■□□ 16.6
CPSF6Q16630 RABGGTB-213ENST00000496055 3863 ntTSL 23.95□□□□□ -1.782e-7■■■□□ 16.6
CPSF6Q16630 SRSF3-208ENST00000620941 869 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.86□□□□□ -0.512e-11■■■□□ 16.5
CPSF6Q16630 SRSF3-207ENST00000620389 2655 ntTSL 27.98□□□□□ -1.132e-11■■■□□ 16.5
CPSF6Q16630 SRSF3-202ENST00000373715 4222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.44□□□□□ -1.382e-11■■■□□ 16.5
CPSF6Q16630 SRSF3-205ENST00000614136 2376 nt4.84□□□□□ -1.642e-11■■■□□ 16.5
CPSF6Q16630 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.043e-6■■■□□ 16.5
CPSF6Q16630 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.463e-6■■■□□ 16.5
CPSF6Q16630 FUBP1-201ENST00000294623 2201 ntTSL 1 (best)13.54□□□□□ -0.242e-7■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 FUBP1-203ENST00000370768 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.38□□□□□ -0.432e-7■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 FUBP1-202ENST00000370767 2524 ntTSL 5 BASIC11.54□□□□□ -0.562e-7■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 CTDSPL2-201ENST00000260327 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.71□□□□□ -0.857e-8■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 MINOS1-208ENST00000498067 481 ntTSL 219.91■□□□□ 0.784e-8■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.494e-8■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 MINOS1-202ENST00000462646 335 ntTSL 317.25■□□□□ 0.354e-8■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 MINOS1-NBL1-202ENST00000602384 999 ntTSL 516.68■□□□□ 0.264e-8■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 MINOS1-NBL1-203ENST00000602450 590 ntTSL 216.5■□□□□ 0.234e-8■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 MINOS1-204ENST00000479642 576 ntTSL 315.63■□□□□ 0.094e-8■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 MINOS1-NBL1-201ENST00000602293 820 ntTSL 314.44□□□□□ -0.14e-8■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 MINOS1-209ENST00000498642 669 ntTSL 214.18□□□□□ -0.144e-8■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 MINOS1-205ENST00000481464 657 ntTSL 313.26□□□□□ -0.294e-8■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 MINOS1-203ENST00000467029 583 ntTSL 212.85□□□□□ -0.354e-8■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 MINOS1-210ENST00000617872 3678 ntTSL 2 BASIC10.96□□□□□ -0.654e-8■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 MINOS1-207ENST00000486890 677 ntTSL 310.93□□□□□ -0.664e-8■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 MINOS1-201ENST00000322753 3712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.91□□□□□ -0.664e-8■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 MINOS1-206ENST00000485362 438 ntTSL 25.43□□□□□ -1.544e-8■■■□□ 16.3
CPSF6Q16630 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.052e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.882e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.782e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 BRD9-212ENST00000495265 2843 ntTSL 217.18■□□□□ 0.342e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 UPF3A-206ENST00000480362 965 ntTSL 516.95■□□□□ 0.32e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 UPF3A-203ENST00000474056 748 ntTSL 316.76■□□□□ 0.272e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 BRD9-208ENST00000489816 3170 ntTSL 1 (best)15.48■□□□□ 0.072e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 UPF3A-208ENST00000484246 699 ntTSL 314.99□□□□□ -0.012e-7■■■□□ 16.2
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