Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.2■■■■■ 4.51
CUX1P39880 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC43.2■■■■■ 4.51
CUX1P39880 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC43.19■■■■■ 4.5
CUX1P39880 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC43.19■■■■■ 4.5
CUX1P39880 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC43.19■■■■■ 4.5
CUX1P39880 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.19■■■■■ 4.5
CUX1P39880 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.18■■■■■ 4.5
CUX1P39880 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC43.18■■■■■ 4.5
CUX1P39880 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC43.17■■■■■ 4.5
CUX1P39880 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.17■■■■■ 4.5
CUX1P39880 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC43.17■■■■■ 4.5
CUX1P39880 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC43.17■■■■■ 4.5
CUX1P39880 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.16■■■■■ 4.5
CUX1P39880 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.16■■■■■ 4.5
CUX1P39880 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC43.15■■■■■ 4.5
CUX1P39880 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC43.15■■■■■ 4.5
CUX1P39880 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.15■■■■■ 4.5
CUX1P39880 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC43.14■■■■■ 4.5
CUX1P39880 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.14■■■■■ 4.5
CUX1P39880 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.13■■■■■ 4.5
CUX1P39880 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC43.13■■■■■ 4.5
CUX1P39880 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.12■■■■■ 4.49
CUX1P39880 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.12■■■■■ 4.49
CUX1P39880 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC43.12■■■■■ 4.49
CUX1P39880 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC43.1■■■■■ 4.49
CUX1P39880 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.1■■■■■ 4.49
CUX1P39880 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC43.1■■■■■ 4.49
CUX1P39880 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC43.1■■■■■ 4.49
CUX1P39880 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC43.09■■■■■ 4.49
CUX1P39880 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.08■■■■■ 4.49
CUX1P39880 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.08■■■■■ 4.49
CUX1P39880 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC43.08■■■■■ 4.49
CUX1P39880 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.08■■■■■ 4.49
CUX1P39880 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC43.07■■■■■ 4.49
CUX1P39880 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC43.07■■■■■ 4.48
CUX1P39880 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC43.07■■■■■ 4.48
CUX1P39880 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC43.06■■■■■ 4.48
CUX1P39880 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC43.05■■■■■ 4.48
CUX1P39880 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43.05■■■■■ 4.48
CUX1P39880 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC43.05■■■■■ 4.48
CUX1P39880 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC43.05■■■■■ 4.48
CUX1P39880 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC43.05■■■■■ 4.48
CUX1P39880 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.05■■■■■ 4.48
CUX1P39880 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.05■■■■■ 4.48
CUX1P39880 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.04■■■■■ 4.48
CUX1P39880 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC43.04■■■■■ 4.48
CUX1P39880 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC43.04■■■■■ 4.48
CUX1P39880 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC43.02■■■■■ 4.48
CUX1P39880 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.02■■■■■ 4.48
CUX1P39880 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC43.01■■■■■ 4.48
CUX1P39880 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC43.01■■■■■ 4.48
CUX1P39880 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC43■■■■■ 4.47
CUX1P39880 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC43■■■■■ 4.47
CUX1P39880 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43■■■■■ 4.47
CUX1P39880 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC43■■■■■ 4.47
CUX1P39880 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43■■■■■ 4.47
CUX1P39880 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC42.99■■■■■ 4.47
CUX1P39880 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.98■■■■■ 4.47
CUX1P39880 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC42.98■■■■■ 4.47
CUX1P39880 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC42.98■■■■■ 4.47
CUX1P39880 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC42.98■■■■■ 4.47
CUX1P39880 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC42.97■■■■■ 4.47
CUX1P39880 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC42.97■■■■■ 4.47
CUX1P39880 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC42.97■■■■■ 4.47
CUX1P39880 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.96■■■■■ 4.47
CUX1P39880 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC42.96■■■■■ 4.47
CUX1P39880 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC42.96■■■■■ 4.47
CUX1P39880 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC42.96■■■■■ 4.47
CUX1P39880 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.95■■■■■ 4.47
CUX1P39880 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC42.95■■■■■ 4.47
CUX1P39880 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.93■■■■■ 4.46
CUX1P39880 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.93■■■■■ 4.46
CUX1P39880 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC42.93■■■■■ 4.46
CUX1P39880 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC42.93■■■■■ 4.46
CUX1P39880 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.93■■■■■ 4.46
CUX1P39880 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC42.92■■■■■ 4.46
CUX1P39880 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.92■■■■■ 4.46
CUX1P39880 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC42.92■■■■■ 4.46
CUX1P39880 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC42.91■■■■■ 4.46
CUX1P39880 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.91■■■■■ 4.46
CUX1P39880 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.9■■■■■ 4.46
CUX1P39880 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC42.9■■■■■ 4.46
CUX1P39880 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC42.9■■■■■ 4.46
CUX1P39880 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC42.9■■■■■ 4.46
CUX1P39880 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC42.89■■■■■ 4.46
CUX1P39880 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC42.89■■■■■ 4.46
CUX1P39880 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.88■■■■■ 4.46
CUX1P39880 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC42.88■■■■■ 4.46
CUX1P39880 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.88■■■■■ 4.46
CUX1P39880 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC42.88■■■■■ 4.45
CUX1P39880 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.87■■■■■ 4.45
CUX1P39880 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC42.87■■■■■ 4.45
CUX1P39880 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.87■■■■■ 4.45
CUX1P39880 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC42.86■■■■■ 4.45
CUX1P39880 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.86■■■■■ 4.45
CUX1P39880 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.86■■■■■ 4.45
CUX1P39880 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC42.86■■■■■ 4.45
CUX1P39880 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.85■■■■■ 4.45
CUX1P39880 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC42.85■■■■■ 4.45
CUX1P39880 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC42.84■■■■■ 4.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms