Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP3Q9Y6I4 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP3Q9Y6I4 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP3Q9Y6I4 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP3Q9Y6I4 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP3Q9Y6I4 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP3Q9Y6I4 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP3Q9Y6I4 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP3Q9Y6I4 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
USP3Q9Y6I4 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP3Q9Y6I4 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP3Q9Y6I4 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP3Q9Y6I4 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP3Q9Y6I4 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP3Q9Y6I4 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP3Q9Y6I4 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP3Q9Y6I4 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
USP3Q9Y6I4 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP3Q9Y6I4 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
USP3Q9Y6I4 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP3Q9Y6I4 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms