Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4W6

EBF3, Transcription factor COE3, humanhuman

Predictions only

Length 596 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EBF3Q9H4W6 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
EBF3Q9H4W6 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
EBF3Q9H4W6 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
EBF3Q9H4W6 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
EBF3Q9H4W6 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
EBF3Q9H4W6 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
EBF3Q9H4W6 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
EBF3Q9H4W6 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
EBF3Q9H4W6 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
EBF3Q9H4W6 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
EBF3Q9H4W6 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
EBF3Q9H4W6 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
EBF3Q9H4W6 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
EBF3Q9H4W6 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
EBF3Q9H4W6 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
EBF3Q9H4W6 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC26.44■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
EBF3Q9H4W6 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC26.37■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.35■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
EBF3Q9H4W6 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.32■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
EBF3Q9H4W6 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
EBF3Q9H4W6 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
EBF3Q9H4W6 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
EBF3Q9H4W6 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
EBF3Q9H4W6 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
EBF3Q9H4W6 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
EBF3Q9H4W6 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
EBF3Q9H4W6 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
EBF3Q9H4W6 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
EBF3Q9H4W6 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.2 ms