Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
SKA1Q96BD8 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SKA1Q96BD8 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SKA1Q96BD8 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SKA1Q96BD8 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.4 ms