Protein–RNA interactions for Protein: Q86VR2

RETREG3, Reticulophagy regulator 3, humanhuman

Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RETREG3Q86VR2 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
RETREG3Q86VR2 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
RETREG3Q86VR2 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RETREG3Q86VR2 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RETREG3Q86VR2 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RETREG3Q86VR2 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
RETREG3Q86VR2 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
RETREG3Q86VR2 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
RETREG3Q86VR2 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC24■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
RETREG3Q86VR2 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.5 ms