Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2B5

VPS9D1, VPS9 domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 631 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS9D1Q9Y2B5 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC25.45■■□□□ 1.67
VPS9D1Q9Y2B5 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS9D1Q9Y2B5 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS9D1Q9Y2B5 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS9D1Q9Y2B5 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS9D1Q9Y2B5 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS9D1Q9Y2B5 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS9D1Q9Y2B5 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS9D1Q9Y2B5 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS9D1Q9Y2B5 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS9D1Q9Y2B5 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS9D1Q9Y2B5 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS9D1Q9Y2B5 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS9D1Q9Y2B5 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS9D1Q9Y2B5 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms