Protein–RNA interactions for Protein: Q9BWF2

TRAIP, E3 ubiquitin-protein ligase TRAIP, humanhuman

Predictions only

Length 469 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAIPQ9BWF2 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
TRAIPQ9BWF2 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TRAIPQ9BWF2 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
TRAIPQ9BWF2 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
TRAIPQ9BWF2 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRAIPQ9BWF2 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRAIPQ9BWF2 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRAIPQ9BWF2 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRAIPQ9BWF2 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRAIPQ9BWF2 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRAIPQ9BWF2 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRAIPQ9BWF2 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TRAIPQ9BWF2 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
TRAIPQ9BWF2 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TRAIPQ9BWF2 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TRAIPQ9BWF2 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRAIPQ9BWF2 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRAIPQ9BWF2 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRAIPQ9BWF2 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRAIPQ9BWF2 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
TRAIPQ9BWF2 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRAIPQ9BWF2 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
TRAIPQ9BWF2 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
TRAIPQ9BWF2 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.5 ms