Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC29.66■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.65■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
TRERF1Q96PN7 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC29.64■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC29.62■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC29.6■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC29.6■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC29.59■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC29.59■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
TRERF1Q96PN7 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
TRERF1Q96PN7 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
TRERF1Q96PN7 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
TRERF1Q96PN7 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
TRERF1Q96PN7 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
TRERF1Q96PN7 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
TRERF1Q96PN7 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
TRERF1Q96PN7 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
TRERF1Q96PN7 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
TRERF1Q96PN7 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
TRERF1Q96PN7 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
TRERF1Q96PN7 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
TRERF1Q96PN7 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
TRERF1Q96PN7 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
TRERF1Q96PN7 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
TRERF1Q96PN7 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
TRERF1Q96PN7 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
TRERF1Q96PN7 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.42■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms