Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL9A1P20849 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL9A1P20849 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL9A1P20849 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL9A1P20849 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL9A1P20849 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL9A1P20849 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL9A1P20849 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL9A1P20849 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL9A1P20849 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL9A1P20849 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL9A1P20849 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL9A1P20849 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
COL9A1P20849 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL9A1P20849 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL9A1P20849 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
COL9A1P20849 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
COL9A1P20849 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms