Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
DDX28Q9NUL7 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
DDX28Q9NUL7 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
DDX28Q9NUL7 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
DDX28Q9NUL7 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
DDX28Q9NUL7 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
DDX28Q9NUL7 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
DDX28Q9NUL7 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
DDX28Q9NUL7 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
DDX28Q9NUL7 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
DDX28Q9NUL7 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
DDX28Q9NUL7 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
DDX28Q9NUL7 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
DDX28Q9NUL7 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
DDX28Q9NUL7 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
DDX28Q9NUL7 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
DDX28Q9NUL7 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
DDX28Q9NUL7 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
DDX28Q9NUL7 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.2 ms