Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS35Q96QK1 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
VPS35Q96QK1 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.65■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VPS35Q96QK1 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS35Q96QK1 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.68
VPS35Q96QK1 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS35Q96QK1 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS35Q96QK1 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS35Q96QK1 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS35Q96QK1 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS35Q96QK1 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS35Q96QK1 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS35Q96QK1 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS35Q96QK1 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS35Q96QK1 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS35Q96QK1 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS35Q96QK1 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS35Q96QK1 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS35Q96QK1 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS35Q96QK1 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS35Q96QK1 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS35Q96QK1 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS35Q96QK1 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS35Q96QK1 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS35Q96QK1 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS35Q96QK1 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS35Q96QK1 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS35Q96QK1 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS35Q96QK1 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS35Q96QK1 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS35Q96QK1 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS35Q96QK1 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.5 ms