Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP39Q53GS9 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP39Q53GS9 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP39Q53GS9 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP39Q53GS9 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP39Q53GS9 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP39Q53GS9 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP39Q53GS9 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP39Q53GS9 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
USP39Q53GS9 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP39Q53GS9 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms