Protein–RNA interactions for Protein: Q494X3

ZNF404, Zinc finger protein 404, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF404Q494X3 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
ZNF404Q494X3 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
ZNF404Q494X3 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
ZNF404Q494X3 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
ZNF404Q494X3 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
ZNF404Q494X3 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
ZNF404Q494X3 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
ZNF404Q494X3 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
ZNF404Q494X3 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
ZNF404Q494X3 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
ZNF404Q494X3 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
ZNF404Q494X3 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
ZNF404Q494X3 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
ZNF404Q494X3 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
ZNF404Q494X3 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
ZNF404Q494X3 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
ZNF404Q494X3 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
ZNF404Q494X3 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF404Q494X3 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF404Q494X3 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.6 ms