Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
SMARCA1P28370 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SMARCA1P28370 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SMARCA1P28370 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
SMARCA1P28370 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SMARCA1P28370 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
SMARCA1P28370 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SMARCA1P28370 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SMARCA1P28370 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
SMARCA1P28370 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
SMARCA1P28370 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC30.08■■■□□ 2.41
SMARCA1P28370 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SMARCA1P28370 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC30.07■■■□□ 2.4
SMARCA1P28370 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SMARCA1P28370 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC30.06■■■□□ 2.4
SMARCA1P28370 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SMARCA1P28370 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
SMARCA1P28370 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SMARCA1P28370 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
SMARCA1P28370 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC30.04■■■□□ 2.4
SMARCA1P28370 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
SMARCA1P28370 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC30.03■■■□□ 2.4
SMARCA1P28370 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
SMARCA1P28370 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
SMARCA1P28370 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC30.02■■■□□ 2.4
SMARCA1P28370 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
SMARCA1P28370 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
SMARCA1P28370 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC30.01■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC30.01■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC30■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC29.98■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC29.98■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC29.96■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC29.95■■■□□ 2.39
SMARCA1P28370 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
SMARCA1P28370 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
SMARCA1P28370 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
SMARCA1P28370 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
SMARCA1P28370 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
SMARCA1P28370 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
SMARCA1P28370 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
SMARCA1P28370 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC29.92■■■□□ 2.38
SMARCA1P28370 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
SMARCA1P28370 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
SMARCA1P28370 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
SMARCA1P28370 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC29.91■■■□□ 2.38
SMARCA1P28370 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
SMARCA1P28370 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
SMARCA1P28370 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
SMARCA1P28370 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC29.86■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC29.86■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC29.86■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC29.85■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC29.83■■■□□ 2.37
SMARCA1P28370 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC29.81■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.81■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC29.79■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
SMARCA1P28370 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 131.6 ms