Protein–RNA interactions for Protein: P22670

RFX1, MHC class II regulatory factor RFX1, humanhuman

Predictions only

Length 979 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFX1P22670 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
RFX1P22670 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
RFX1P22670 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
RFX1P22670 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
RFX1P22670 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
RFX1P22670 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
RFX1P22670 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
RFX1P22670 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
RFX1P22670 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
RFX1P22670 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
RFX1P22670 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
RFX1P22670 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
RFX1P22670 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
RFX1P22670 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
RFX1P22670 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
RFX1P22670 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
RFX1P22670 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
RFX1P22670 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
RFX1P22670 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
RFX1P22670 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
RFX1P22670 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
RFX1P22670 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
RFX1P22670 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
RFX1P22670 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
RFX1P22670 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
RFX1P22670 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
RFX1P22670 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
RFX1P22670 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
RFX1P22670 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC28.18■■■□□ 2.1
RFX1P22670 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
RFX1P22670 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
RFX1P22670 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
RFX1P22670 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
RFX1P22670 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
RFX1P22670 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
RFX1P22670 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
RFX1P22670 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
RFX1P22670 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.16■■■□□ 2.1
RFX1P22670 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
RFX1P22670 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
RFX1P22670 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
RFX1P22670 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
RFX1P22670 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
RFX1P22670 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
RFX1P22670 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
RFX1P22670 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
RFX1P22670 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
RFX1P22670 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
RFX1P22670 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
RFX1P22670 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
RFX1P22670 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
RFX1P22670 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
RFX1P22670 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
RFX1P22670 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
RFX1P22670 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
RFX1P22670 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
RFX1P22670 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.07■■■□□ 2.08
RFX1P22670 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
RFX1P22670 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
RFX1P22670 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RFX1P22670 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
RFX1P22670 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RFX1P22670 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
RFX1P22670 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
RFX1P22670 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
RFX1P22670 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
RFX1P22670 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
RFX1P22670 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
RFX1P22670 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
RFX1P22670 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
RFX1P22670 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
RFX1P22670 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
RFX1P22670 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
RFX1P22670 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
RFX1P22670 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
RFX1P22670 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC28■■■□□ 2.07
RFX1P22670 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
RFX1P22670 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC28■■■□□ 2.07
RFX1P22670 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
RFX1P22670 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
RFX1P22670 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
RFX1P22670 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
RFX1P22670 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC27.98■■■□□ 2.07
RFX1P22670 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
RFX1P22670 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
RFX1P22670 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
RFX1P22670 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
RFX1P22670 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
RFX1P22670 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC27.95■■■□□ 2.07
RFX1P22670 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
RFX1P22670 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
RFX1P22670 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
RFX1P22670 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
RFX1P22670 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
RFX1P22670 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
RFX1P22670 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
RFX1P22670 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
RFX1P22670 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
RFX1P22670 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
RFX1P22670 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83 ms