Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.75■■□□□ 1.87
LHX3Q9UBR4 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
LHX3Q9UBR4 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LHX3Q9UBR4 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LHX3Q9UBR4 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LHX3Q9UBR4 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LHX3Q9UBR4 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LHX3Q9UBR4 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
LHX3Q9UBR4 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
LHX3Q9UBR4 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC26.72■■□□□ 1.87
LHX3Q9UBR4 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LHX3Q9UBR4 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LHX3Q9UBR4 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
LHX3Q9UBR4 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
LHX3Q9UBR4 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC26.71■■□□□ 1.87
LHX3Q9UBR4 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
LHX3Q9UBR4 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
LHX3Q9UBR4 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LHX3Q9UBR4 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
LHX3Q9UBR4 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
LHX3Q9UBR4 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
LHX3Q9UBR4 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
LHX3Q9UBR4 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
LHX3Q9UBR4 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
LHX3Q9UBR4 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LHX3Q9UBR4 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
LHX3Q9UBR4 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
LHX3Q9UBR4 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
LHX3Q9UBR4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
LHX3Q9UBR4 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
LHX3Q9UBR4 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LHX3Q9UBR4 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LHX3Q9UBR4 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LHX3Q9UBR4 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LHX3Q9UBR4 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
LHX3Q9UBR4 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
LHX3Q9UBR4 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LHX3Q9UBR4 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LHX3Q9UBR4 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
LHX3Q9UBR4 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LHX3Q9UBR4 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LHX3Q9UBR4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LHX3Q9UBR4 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
LHX3Q9UBR4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LHX3Q9UBR4 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
LHX3Q9UBR4 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LHX3Q9UBR4 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LHX3Q9UBR4 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LHX3Q9UBR4 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LHX3Q9UBR4 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LHX3Q9UBR4 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LHX3Q9UBR4 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
LHX3Q9UBR4 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LHX3Q9UBR4 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LHX3Q9UBR4 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LHX3Q9UBR4 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
LHX3Q9UBR4 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LHX3Q9UBR4 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LHX3Q9UBR4 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
LHX3Q9UBR4 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
LHX3Q9UBR4 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.2 ms