Protein–RNA interactions for Protein: Q96IU2

ZBED3, Zinc finger BED domain-containing protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 234 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZBED3Q96IU2 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC31.88■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC31.88■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC31.88■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC31.87■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC31.87■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC31.85■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC31.83■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC31.82■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC31.81■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC31.77■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC31.77■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC31.76■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.76■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC31.75■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC31.75■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC31.75■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC31.74■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC31.73■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC31.72■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC31.71■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
ZBED3Q96IU2 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC31.67■■■□□ 2.66
ZBED3Q96IU2 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.66■■■□□ 2.66
ZBED3Q96IU2 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC31.66■■■□□ 2.66
ZBED3Q96IU2 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
ZBED3Q96IU2 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
ZBED3Q96IU2 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC31.64■■■□□ 2.66
ZBED3Q96IU2 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC31.63■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC31.63■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.62■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC31.61■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC31.61■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC31.6■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC31.6■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.58■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.57■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.55■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC31.55■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.55■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC31.54■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC31.52■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC31.52■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC31.51■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC31.5■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC31.47■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.3 ms